Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. На сайте появилась интерактивная форма, позволяющая проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, и таблица частоты встречаемости кодонов в распространённых лабораторных организмах.
Правда, тут же оказалось, что подобный анализ могут делать и некоторые коммерческие программы, но ведь не выбрасывать же из-за этого уже готовую работу.
Выложено несколько материалов посвящённых организации работы в лаборатории. Событие это связано с появлением в группе новых сотрудников и глобальным наведением порядка по этому поводу.
12-15 сентября 2001г. в г. Саранске пройдёт международная конференция "Биотехнология на рубеже двух тысячелетий". На конференции будут представлены пленарные, секционные и стендовые доклады.
Секции:
Организаторы конференции: Российская Академия Наук, Министерство Образования РФ, Российская Академия Медицинских Наук, Российский фонд фундаментальных исследований, Московский государственный университет им. М.В.Ломоносова, Мордовский государственный университет им. Н.П.Огарёва, Правительство Республики Мордовия.
Адрес оргкомитета:
Биологический факультет Мордовского государственного университета имени Н.П.Огарёва, 430032 Россия г. Саранск ул. Ульянова 26Б, Тел/Факс: (8342)322523, e-mail: biotech@moris.ru
Листал ваши методы и в разделе работы с белками и гель электрофорезом наткнулся на методику сушки геля без "драера". Хочу добавить очень простой, на мой взгляд, способ сушки геля вертикального электрофореза для камер типа SE250 Hoefer, SE1 Helicon и других подобных при толщине геля 0,8 мм. При уверенной работе процедура занимает меньше 5 минут.
Желаю удачи!
Андрей Шанько, shanko@iab.ac.ru Всероссийский Институт Агрономической Биотехнологии (Москва).
26-29 июня 2001 г. в Московском государственном университете леса пройдет Международная конференция молодых учёных "Леса Евразии в III тысячелетии".
Организаторы: Министерство образования РФ; Министерство природных ресурсов РФ; ФЦП "Интеграция"; Московский государственный университет леса; Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН; ОД "Пущинская научная молодежь"
Секции (рабочие направления) конференции:
" - официального информационного спонсора конференции.
6-я конференция в Пущино (Московская область) состоится 12-14 сентября и будет посвящена молекулярной медицине. Ниже приведено первое информационное сообщение Оргкомитета конференции.
Министерство промышленности, науки и технологий Российской Федерации, Министерство внешнеэкономических связей правительства Московской области, Отделение физико-химической биологии Российской академии наук, Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ), Институт биоорганической химии им. М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН (ИБХ РАН) и Инкубатор биотехнологий г. Пущино сообщают о проведении VI Международной конференции из цикла "Результаты фундаментальных исследований для инвестиций", которая состоится с 12 по 14 сентября 2001 в г. Пущино Московской области на базе Филиала Института биоорганической химии им. М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН.
Цель конференции - представление потенциальным инвесторам результатов исследований в молекулярной медицине и биотехнологии, включая результаты фундаментальных исследований по грантам РФФИ, перспективных для коммерциализации и практического использования в медицине и здравоохранении. На семинаре будут представлены результаты исследований по следующим направлениям:
Новый "протокол" на сайте. Выложена "Номенклатура генотипа бактерий". Готовили неспециалисты в бактериальной генетике. Было бы здорово, если бы кто-то знающий просмотрел не проскочили ли какие-то неточности.
Отделение медицинской экологии, биотехнологии, экономики медицины и промышленности АМТН РФ проводит 24 и 25 апреля 2001 международную научную конференцию "Фундаментальные и прикладные проблемы биотехнологии", посвященной памяти академика РАМН и АМТН РФ И.Н.Блохиной.
К участию в конференции приглашены ведущие ученые, специалисты, руководители учреждений здравоохранения и профильных предприятий промышленности России и ряда зарубежных стран. Конференция проводится в здании Института биоорганической химии им. М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова Российской Академии наук (г.Москва, ул. Миклухо-Маклая, д.16/10).
В холле Института будет организована выставка новейших достижений науки и производства в области биотехнологии, экологии, социальной гигиены, проблемам питания, экономики медицины и медицинской промышленности. Стоимость одного выставочного места, включающего стол и два стула, за два дня работы выставки составляет 300 USD, с учетом НДС. Участникам выставки будет предоставлена возможность выступить на конференции с информацией о фирме и ее продукции.
Организатор выставки - Научно-производственный центр "ИНТЕЛФОРУМ"
Нам прислали хорошую идею: в дополнение к странице, где предлагаются "работы и услуги" завести ещё и ту, где публикуются объявления о том, "что требуется". Чтобы спрос формировал предложение.
Рады воплотить хорошую мысль в жизнь. Ограничений практически нет. Можно искать всё, что требуется для мол-, мед- или биологической лаборатории: переводы текстов, печать постеров, выращивание лабораторных животных, поиск библиотек, штаммов. Впрочем, одно серьёзное ограничение имеется. Подразумевается, что автор готов за помощь как-то заплатить.
В качестве подарка прекрасной половине "Практической молекулярной биологии" к 8 Марта посылаю вам протокол в секцию 17. Случается иногда, что концентрация белка в растворе слишком мала для анализа, или объем слишком велик, чтобы нанести нужное количество белка на гель. Тут-то и помогает ОСАЖДЕНИЕ БЕЛКОВ ТРИХЛОРУКСУСНОЙ КИСЛОТОЙ.
Cheers, Дима dmitry@pharm.sunysb.edu Dr. Dmitry Zharkov Department of Pharmacological Sciences State University of New York at Stony Brook (631) 444 3585
Компания Диа М совместно с Eppendorf 13 марта 2001 проводит семинар "Современное оборудование для ПЦР" (Москва, конференц-зал Центра медицинской биотехнологии, ул. Щукинская д.6). Речь на семинаре будет идти ещё и о сопутствующем оборудовании: видеосистемы для гель-документирования, центрифуги, термостаты, автоматические пипетки, ламинарные и ПЦР-боксы. Подробности и контактная информация для заявок на участие здесь.
Я уже как-то писал по поводу программ для обработки изображений. Буду рад, если вас заинтересует нижеизложенное.
Компания Phoretix выпустила программу TotalLab 1.10. Программа предназначена для обработки результатов одномерных форезов, различных array на планшетах и в лунках, а также колоний на чашках. Исходным является изображение в несжатом tif формате. Также можно ввести изображение со сканера, для этого в программе есть свой блок.
В общем, программа оставляет приятное впечатление, хотя немного и непревычна, нет традиционных Windows-функций: drag'n'drop и контекстного меню под правую кнопку. Понять и освоить программу не читая руководство достаточно просто, "интуитивность" интерфейса проступает примерно через час работы (есть подробное руководство 561Кб).
Как получить программу?
Из полезных свойств хотелось бы еще отметить наличие банка маркеров для анализа одномерных форезов (который можно пополнить самому), т.е. вам не придется каждый раз калибровать маркер. Для array можно использовать встроенные и создавать свои разметочные решетки. Удаление фона и обсчет характеристик полосы тоже очень хороши. Результаты выводятся в табличку, которую можно сохранить в виде txt файла или переслать в MS Exсel. Картинку также можно сохранить в bmp формате.
В общем, может и ничего особого, но, исходя из того что программа бесплатна (60 дней, а дальше по совести) и лучше уже описанного мною ранее Gel Imager/Analyzer (Литех) или известного ImageQuant, ее можно смело рекомендовать для внедрения в массы.
Надеюсь, что эта информация будет полезна. Также хочу выразить Вам искреннюю благодарность за Ваш сайт, от меня и моих коллег. Удачи Вам!
С уважением. Александр Мишарин, am1@mail.ru И-т Экспериментальной Эндокринологии ЭНЦ РАМН
Владимир Антоненко (antonenko_v@mail.ru) из группы генной инженерии Институт Белка прислал протокол "Синтез RNA in vitro". Синтез идёт прямо на неочищенной PCR смеси, из 100µl реакционной смеси (с 10µl PCR продуктов) получается примерно 200-300µg RNA.
Мы получили несколько писем с вопросом, почему BioMail не работает с января 2001г. Поэтому мы объясняем ситуацию.
BioMail использует для поиска литературы базу данных PubMed. Организаторы PubMed в настоящее время индексируют базу данных используя 'MeSH terms'. Этот индекс должен обновляться время от времени, в соответствии с изменениями в медицине и биологии.
С 14 января начато обновление индекса и пока оно идёт добавление новых ссылок приостановлено. Поэтому BioMail ничего нового и не находит (вручную - тоже не найдётся).
Подводя итог: с программой BioMail всё хорошо, она работает и начнёт предоставлять ссылки как только восстановится обновление PubMed.
Российско-американское НПО Институт Тахо-Байкал ждет конкурсантов, активно принимающих участие в экологических исследованиях и реализации практических результатов с последующей пропагандой своих знаний и опыта среди общественности. Участники экспедиции из России, США и других стран с 16июня по 30 августа 2001 г. будут изучать вопросы охраны природы на лекциях, семинарах, в дискуссиях. Проводить восстановительные и научные проекты, связанные с решением экологических проблем озер Байкал (Иркутская область - Республика Бурятия, Россия) и Тахо (Калифорния - Невада, США) через практическую реализацию программы на местности.
Заявки присылать до 10 марта 2001г. по адресу: Иркутск-74, а/я 177 с пометкой "Тахо-Байкал Институт".
В последней рассылке обсуждался раздел сайта "Биологические и биотехнологические услуги". Результатом было то, что сразу пришла пара объявлений (на наш взгляд, особенно интересно объявление "B10"). По этому поводу мы решили воспроизвести текст из "рассылки" на первой странице.
На сайте есть раздел "Биологические и биотехнологические услуги" – в разделе перечислены компании и коллективы, предлагающие услуги имеющие хоть какое-то отношение к биологии или организации работы лаборатории на территории России. В разделе всего 8 (уже 10) объявлений. Может мы что-то неправильно объяснили. Попытаемся ещё раз.
тематике соответствуют любые работы, в которых могут быть заинтересованы биологи (в том числе: печать слайдов, выпуск рефератов, содержание или продажа кроликов и т.п.); Я не понимаю: в ответ на вопрос на "Форуме" о производстве пептидов в Москве пришло аж два ответа с телефонами, а информацию о себе в "Услугах..." люди не печатают... (одно объявление уже напечатали); для того, чтобы заявить о своих услугах, не надо быть официальной компанией. Может быть мы даже зря написали про "коллективы". Достаточно того, что конкретный человек или группа готовы за деньги сделать какую-то работу (или что-то продать); нет нужды писать все адреса, если вы не заинтересованы в том, чтобы о вашем "хобби" узнало начальство. Приведите только e.mail. Главное, чтобы с вами можно было связаться.
, раз их бесплатная реклама не интересует.
С другой стороны, может люди не знают об этой возможности. Те, кто рядом, помогите им получить заказчиков и заработать. Дело то доброе.
Мы заметили, что с 14 января весь поиск на PubMed ничего не возвращает. То есть в базу данных с 14 января ничего не поступало. Мы поговорили с людьми оттуда, они сказали, что это временная проблема, которую должны починить в пятницу. В результате этого все пользователи биомэйла остануться без статей примерно за пол-месяца.