На узловых страницах сайта недавно изменённые страницы теперь отмечаются жёлтой лампочкой ( - как на светофоре: внимание). Порог новизны - 1 месяц. Текст переводится в разряд новых автоматически, при любых изменениях - и больших и маленьких.
По этому поводу изменены некоторые узловые страницы второго уровня. Я не объясняю, что именно сделано, так как изменения чисто композиционные (за исключением разделов "Справочник" и "Литература").
В разделе "Расчёты" модифицирована программа "Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности" (для тех, кто не в курсе - оценка частоты встречаемости кодонов полезна при экспрессии белков в гетерологичных организмах). Функционально программа не изменилась, но результат представляется теперь более наглядно: кроме всего прочего рисуется гистограмма частот встречаемости кодонов. Например, анализ кодирующей последовательности Taq полимеразы при экспрессии в E.coli даёт следующие результаты:
> Taq polymerase translated in organism: Escherichia coli
Новая программа: "Трёхбуквенные-однобуквенные аминокислотные последовательности". Облегчает жизнь, когда требуется перевести однобуквенную аминокислотную последовательность в трёхбуквенную (например, когда код толком не помнишь), или наоборот - переписать трёхбуквенную (например, для ввода в компьютер). Однобуквенная запись по желанию - прописными или строчными буквами. Заодно программа считает молекулярный вес белка (чтобы не выглядеть совсем уж примитивной).
Обычное напоминание: все программы в разделе "Расчёты" написаны на JavaScript. Если сохранить страницу на локальном компьютере, программа будет работать. Код очень простой и его можно переделать (или оптимизировать) под собственные нужды.
В разделе "Справочник" появился ещё один вариант таблицы генетического кода. На этот раз в таблица упорядочена по аминокислотам, а напротив них перечислены соответствующие кодоны. Иногда так удобнее (например, когда разбираешься с незначащими заменами при мутагенезе).
На форуме обсуждается вопрос о разумном использовании терминов, заимствованных из английского языка: "преципитат преципитирует преципитацию ". Тема поднимается уже не в первый раз. Я хочу суммировать близкие мне идеи, высказанные по этому поводу.
О чём идёт речь.
По крайней мере две разные вещи обычно называют словом "язык": то, что применяется для общения и то, что используется, когда мы думаем. Если ограничится лишь первой категорией (вторую действительно лучше не трогать), то проблема состоит в том, что при письменном и устном общении часто используются термины, которые либо режут слух своим несоответствием русской речи, либо не определяют достаточно чётко то, о чём идёт речь. Например: сказать "микроэррэй" - язык сломается, сказать "микромассив" - никто не поймёт (я специально не привожу компромисс - "микроматрица").
Напрямую с переводом терминов не связаны: (i) слабость русскоязычных журналов; (ii) отъезд специалистов на Запад; (iii) требеования некоторых редакций и учёных советов о том, чтобы "всё было на русском". Эти темы можно обсуждать отдельно, но не стоит мешать всё в одну кучу.
Как возникает проблема.
Большинство новых терминов рождается и проходит отбор на английском языке. Часто для новых понятий предлагается несколько названий и лишь с течением времени закрепляется одно - наиболее удачное или принадлежащее наиболее активному автору (например терминами "padlock probe" и "circularizable ligation probes" называется сейчас одно и то же).
Первенство публикации английского термина не означает, что любой его перевод - суррогат. Во-первых, и в английском не всегда закрепляется именно первый вариант, во-вторых, если бы "первенство" было определяющим, то какому-нибудь китайцу-изобретателю достаточно было дать китайское название, и весь остальной мир использовал бы китайское слово. Английский язык сам по себе накладывает ограничения на то, что способно закрепиться в речи. Аналогичные ограничения накладывают и другие языки. Пример: прижилось и активно используется название гена "fushi tarazu"; но ясно, что ста подобных названий английский язык не выдержит.
Нет оснований считать, что английское название всегда имеет какую-то глубинную суть, определяющую внутреннюю природу явления, а русский смысловой перевод этой сути обязательно лишен. Это смотря как переводить. Пример: виски "Johnnie Walker "; транслитерация "Джони Уокер"; плохой смысловой перевод - "Гуляющий Ванечка"; хороший - "Гуляй Вася".
Из-за того, что научное общение на русском языке сведено к минимуму, русские эквиваленты фактически не проходят отбора. Их каждый придумывает для себя. Возможно, что раньше некоторую роль в формировании языка играли русские биологические журналы. Сейчас, судя по импакт-факторам, их практически не читают. Реальное влияние оказывают только учебники, а они у нас переводные с отставанием лет в шесть. Даже сравнительно древние понятия продолжают существовать без эквивалента или в неудачных вариантах. Например, я не знаю, как коротко по-русски сказать "mismatch primer"; транслитерация "мисматч" совсем не звучит, а смысловой перевод "несоответствующий праймер" не является общеупотребительным.
Почему это важно.
Книги, написанные неудобоваримым языком, невозможно читать; доклады с режущими ухо терминами кажутся хуже, чем есть на самом деле.
Почему проблемой пренебрегают.
О грамотной русской речи стоит заботиться либо связывая своё будущее с Россией, либо считая, что возможность говорить и думать на родном языке ценна сама по себе. И то и другое каждый решает для себя сам.
Если судить с точки зрения "профессионального успеха", то нет уверенности, что русский язык вообще заслуживает внимания. Если бардак в России продлится ещё полвека, то нынешнему поколению полезнее общаться только на английском. Некоторые неудобства вначале потом окупятся.
Что можно сделать.
Говорить и писать грамотно. Это приносит реальную пользу. Язык формируется в общении. Общаясь, мы берём пример с лучших носителей языка. Худшие не играют никакой роли, ничего не определяют и ничему не мешают (речь не о тех, кто связан с преподаванием, издательской деятельностью или организацией научных школ - у них и возможности иные, и спрос с них иной).
Что не делать.
Не стоит говорить, что проблемы нет. Когда я не могу коротко и ясно изложить свою мысль на родном языке, я ощущаю, что проблема есть. Причём новые термины, допускающие терпимую транслитерацию типа "proteomics - протеомика" это ещё не самое плохое (что касается протеомики, на мой взгляд, правильный перевод "дайте денег"). Хуже, когда не ясно, как красиво сказать "bicinchoninic acid protein assay kit" или "picking tool".
Не надо мешать, когда говорят о неудачных терминах. Для меня это вроде опечаток. Опечатки надо править, но я не всегда их вижу.
Смотри также: PS. Однажды я рассказывал о своей работе знакомому математику, преподавателю мехмата. Его удивило обилие английских терминов. Оказалось, что математики к своей терминологии относятся бережно:
У меня к тебе вопрос (если у тебя время для него найдётся). Ты как-то рассказывал, что математики в своё время всерьёз подошли к переводу иностранных терминов на русский язык. Ты бы не мог напомнить в нескольких словах кто и когда этим занимался? А. По твоему вопросу могу сказать следующее: стремление найти адекватные русские слова для (возникших в основном не у нас) математических терминов возникло в 19 веке в связи с переводом иностранной математической литературы и становлением отечественной математической школы. Можно назвать Остроградского (еще 18 в.), Буняковского, Чебышева, Некрасова, Перевощикова, писавших учебники, в том числе школьные. В результате сложилась традиция переводить не то чтобы все, а ровно то, что удачно переводится. Скажем, наряду с производной (derivative) и первообразной (primitive) у нас в языке прочно укоренился интеграл и дифференциал (а также алгебра, геометрия и анализ). Эта традиция подкрепилась в то время, когда наша математика стала одной из ведущих в мире и выдавала уже свои термины, которые иностранцы переводили на свои языки (теория вероятностей, аналитическая емкость и т.д.).
Однако процесс поиска подходящего перевода продолжается долго. Скажем, до революции у матрицы был только детерминант, а потом появился еще и определитель. Возникший несколько лет назад термин wawelet был сразу очень удачно переведен как всплеск, причем несколькими людьми независимо друг от друга. Наверное, устойчивость этой традиции объясняется не столько патриотичностью наших математиков, сколько относительной самодостаточностью нашей математики и нашего "поля" математической литературы и журналов, которые очень высоко ценятся и почти все переводятся американцами.
Если тебя интересует более конкретная информация, то я могу узнать по соответствующим справочникам.
На Форумах molbiol.ru принято использовать \"Вы\" (а не \"ты\") при обращении к тем участникам, с которыми вы не знакомы.
Я приношу свои извинения тем участникам Форума, кто уже привык к обращению на "ты". Новое правило не является несомненной нормой в Интернете. Более того, существует множество интернет-сообществ, в которых обращение на "ты" более предпочительно. Новое правило - скорее моя личная просьба, так как на форумах molbiol.ru неопределённость в этом вопросе приводит к никому ненужным обидам и конфликтам, в которых приходится разбираться модераторам.
Открыта давно обещанная "Весёлая страничка". Идея была предложенна zelensky:
Предлагаю в целях оживления форума открыть страничку, где желаюшие смогут поведать миру о разных забавных, но поучительных реальных случаях из реальной жизни. Помню, была такая серия - \"Ученые шутят\".
При переносе сообщений с соответствующих страниц форума поправлены опечатки, выброшены диалоги "не в тему" и небольшая часть шуток (те, которые мы не поняли). Организованы ссылки на три "весёлых страницы" форума. Первые две - старые, последняя новая. Новая страница организована потому, что на старых уже 4 и 7 листов - читать стало неудобно.
Новый протокол: "Осаждение белков сульфатом аммония". Самое интересное - в комментариях: влияние на растворимость белков ионной силы, pH, температуры; почему применяется именно сульфат аммония и т.п.
Дополнение не в тему, а как иллюстрация предложения. Может быть, стоит организовать на Вашем сайте раздел про разные ферменты. Думаю, многие согласятся, что в каталогах часто указывают не все илм не совсем как есть, поэтому перед использованием некоторые качества ферментов приходится проверять. Иногда всякие приколы выясняются. Такие мелочи не опубликуешь, зато кому-то может пригодится, на те же грабли не наступят.
Возился на днях с Uracil DNA Glycosylase (UDG). Этот фермент вырезает уридины из ДНК, образуя abasic сайты, которые рушатся при нагревании. Сначала проверил, как она щепит праймер с двумя U в середине. Получил вот такую картинку: сначала идут двукратные разведения UDG (Sigma #U1257) начиная с 0.5u на дорожку, на последней дорожке исходный праймер. На реакцию (10µl) брал 5pmol меченого праймера. Условия: 37<sup>o</sup>C - 15', 95<sup>o</sup>C - 15'. Выходит, что UDG работает при совсем небольших концентрациях, а еще, видимо, в праймер при синтезе вставляют смесь U c T, так как на всех дорожках что-то остается.
Потом, для работы мне нужно было знать, когда начинают валится abasic сайты, поэтому после обработки UDG я держал реакцию на 95<sup>o</sup>C от 1 до 20 минут. Тоже есть на что посмотреть.
Я могу еще что-нибудь прислать, уверен, что у большинства посетителей форума полно всяких таких интересных мелочей в рабочих тетрадях.
Ссылок на внешние ресурсы стало так много, что я слегка изменил внешний вид страницы. Теперь сверху только короткие ссылки, а все подробности - внизу страницы.
Урлы на статьи, это хорошо. Но урлы без стандартной информации, как то название, авторы номер тома, выпуска и номеров страниц, этого мало! У меня есть доступ к куче журналов, но через библиотечный сервер (прокси), на коем я и ввожу пароль. То есть он-лайновые ссылки для меня абсолютно бесполезны, а вот без стандартной инфы я ничем помочь не могу. Предлагаю сделать ее обязательной. Пусть пишут URL + как в диссере .
Библиотечные серверы иногда содержат старые статьи (до 95-го) в текстовом варианте, что лучше, чем ничего. Во всяком случае я один раз на такой вариант наткнулся. Как правило это журналы вроде Сайнс или Нейче, мелочевку никто перетаскивать в текст не будет. Но и это хлеб.
Так что предлагаю изменить правила в соответствии с этой информацией. Вопрошающие не надорвутся, а вероятность благополучного исхода (для них) возрастет. Обидно просто, когда я В ПРИНЦИПЕ помочь могу, а реально - не получается.
Помнится, когда мне нужно было оформлять диссертацию, я был удивлён, что учёный секретарь дала мне не файл-шаблон, а кипку бумажек-образцов. Не слишком весело было перешлёпывать стандартный текст на компьютере, прикидывая, какой я по счёту на этой Сизифовой дорожке. Могу соврать, но кажется, что от моих файлов учёный секретарь отказалась... К тому времени, когда появился сайт, дискеты уже затерялись.
Это я к тому, что в разделе "Орг.вопросы" размещены ссылки на сайты с болванками диссертационных документов и личным опытом "защищённых".
В разделе "Методы/Выделение pDNA" появился новый протокол: "Выделение плазмидной ДНК на силикагеле" /Вячеслав Юрченко, Екатерина Мерзляк. Описана homemade копия Wizard Minipreps ДНК Purification System (Promega). Прислал Вячеслав Юрченко (vyurchen@aecom.yu.edu). Автору - огромное спасибо, всем остальным - удачного применения.
Оргкомитет регулярных рабочих совещаний "Консервация генетических ресурсов", Научный совет по биофизике РАН, Институт биофизики клетки РАН планируют провести XVII совещание с международным участием. Предположительно совещание состоится 19-21 ноября 2002г в Пущино на базе Института биофизики клетки РАН.
Более подробное описание в файле inf177.zip (MS Word архив).
На английской стороне сайта появилось два новых раздела: "Journals" и "Labor exchange". И то и другое - кальки соответствующих русских страниц (на самом деле, материал даже не дублируется, а берётся из одного и того же источника). Оба раздела организованы по просьбам трудящихся, которые не могут попасть на соответствующие страницы по русскому меню навигации.
С "Journals" всё понятно - просто более удобная навигация для англоязычных коллег.
Что касается "Labor exchange". Предполагается, что количество объявлений из-за границы теперь увеличится. Кроме того, англоязычные товарищи смогут просматривать страницу с предложениями работы. Тому, кто в этом заинтересован, имеет смысл писать объявления на английском.
Кстати, раздел "Биржа труда" по посещаемости уступает только "Форуму" и "Методам". Причём объявления "о поиске работы" пользуются чуть большим спросом, чем "о предложении".
В разделе "Литература" обновлены таблицы импакт-факторов. Были данные за 1999г, а стали - за 2001г. (сейчас уже 2002г., но обсчёт идёт за весь год, требуется время, чтобы получить журналы, собрать данные, обработать; в общем, IF как раз в июле и выходят). Как и в прошлый раз, IF взяты из ISI Journal Citation Reports® on the Web Version 2.0.2 (кстати, у них сменился web-адрес). На "ISI Journal Citation Reports" можно поискать данные по тем журналам, которые не попали в таблицу. Кроме того, можно посмотреть динамику изменения IF по годам.
Импакт-факторы российских журналов сведены в отдельную таблицу. К сожалению, для всех - очень небольшие.
И, напоследок, картинка, на которой отмечены все IF, упорядоченные по величине. Чтобы иметь представление о том, кто есть кто:
В разделе "Расчёты" появилась новая программа: чтение вслух нуклеотидной последовательности. Она пригодится, когда требуется проверить, например, последовательность заказанных олигонуклеотидов. Можно произвольно задать скорость чтения, выбрать русского или английского диктора. Есть команды "пауза" и "начать сначала". Понимаются стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов.
Русский голос: диктор Екатерина Петрова, записал Владимир Рябов (радио Мордовии). Большое им спасибо!
На всякий случай: для того, чтобы компьютер что-то читал, нужно, чтобы была установлена звуковая карта и колонки, .
Англия сильна традициями. Раз первый день лета - значит новость "не в тему". Очень понравился сборник сказок Евгения Клюева. Сказки - хорошие и добрые. Их больше двух десятков, но мне особенно хочется отметить "По законам живой природы", "Про одну из двух перчаток" и "История с превращениями". Почитайте, не пожалеете. На этом же сайте есть и другие произведения Клюева, но они как-то пока "не пошли". Да, чуть не забыл - чисто техническое. Сервер "narod.ru", на котором расположен сайт - халявный, поэтому грузится всё медленно. Кроме того, Netscape (чтоб ему) вообще странички открывать отказался.
.....ну раз сегодня ещё и выходной, то ещё одна ссылочка на эту же "не в тему". Сайт "1001 Сказка". Главная особенность сайта - большое количество звуковых файлов со сказками и детскими песенками. В общем, если в семье есть маленький ребёнок - ресурс просто неоценимый.
Обычно о появлении дополнений к протоколам не сообщается в колонке новостей сайта. Но это случай особый и, надеюсь, многим интересный. Пришло вот такое сообщение: Дополнение к 17_08 Western блоттинг
Елки с палками... Ну вы даете... А где же рецепты ECL-растворов? А? Итак...
Раствор А: 68mM p-Coumaric acid in DMSO (0.089g in 8ml)
Раствор B: 1.25mM Luminol (5-amino-2,3-dihydro-1,4-phtalazidenion) in 0.1M Tris-HCl pH8.5
140µL Раствора А + 14ml Раствора В + 5 µl 30% H<sub>2</sub>O<sub>2</sub>, инкубировать блот 1 мин, - и на пленочку.
Я пробовал. Шикарно работает. Алексей Терентьев (alexei@icp.ac.ru)