Web-сайт MolBiol.ru
 

English   Deutsche Fassung  Український варіант
[Войти] [Регистрация]
Биология
всего сообщений: 1241   страницы (63):  1 2 3 4 > » 

раздел новостей: Биология
вчера, 19:23  Vadim Sharov    
сообщение из темы: Про биолаборатории и грядущие пандемии       к началу страницы  комментарии:  »
Исследование более 12 тысяч изолятов возбудителя туберкулеза выявило новые гены резистентности

Ученые из проекта международного консорциума CRyPTIC проанализировали 12 289 клинических изолятов возбудителя туберкулеза Mycobacterium tuberculosis. Они секвенировали их геном и оценили чувствительность к 13 антибиотикам. В результате были выявлены новые гены, ассоциированные с резистентностью. Авторы надеются, что их данные, выложенные в открытый доступ, помогут предсказывать развитие той или иной формы резистентности микобактерий и Туберкулез продолжает оставаться одной из наиболее серьезных социально значимых инфекций с высокой смертностью. Эффективность стандартной шестимесячной схемы лечения может быть существенно снижена из-за приобретения новыми штаммами устойчивости к антибиотикам. Для понимания генетической природы резистентности и разработки новой терапии и диагностики представляет интерес изучение полного генома возбудителя туберкулеза Mycobacterium tuberculosis и сопоставление генотипа с фенотипом (антибиотикорезистентностью).

В лабораториях 23 стран Азии, Африки, Южной Америки и Европы в рамках исследовательского проекта международного консорциума Комплексное прогнозирование резистентности к туберкулезу (Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis International Consortium, CRyPTIC) секвенировали полные геномы 12 289 клинических изолятов микобактерий туберкулеза, а также изучили их устойчивость к 13 антибиотикам. Причем чувствительность к антибиотикам оценивали не качественно, а количественно — по минимальной подавляющей концентрации. Такой подход позволил отобрать штаммы с незначительным повышением устойчивости к противомикробным препаратам, которая может быть скорректирована увеличением дозы.

Среди изученных клинических изолятов 6814 были резистентны минимум к одному антибиотику, а 2129 из них вошли в группу, демонстрирующую разнообразные формы устойчивости — от резистентности к рифампицину до широкой лекарственной устойчивости. Коллекция содержала и экземпляры, рост которых не подавлялся такими новыми антибиотиками, как бедаквилин (109 изолятов), клофазимин (525 изолятов), деламанид (186 изолятов), линезолид (156 изолятов). Причем наибольшее количество культур, устойчивых к новым антибиотикам, было выделено в Южной Африке, Китае и Индии.

Было обнаружено особенно много мутаций, ассоциированных с резистентностью к антибиотикам первой линии: 49% изолятов были устойчивы к изониазиду, 38,7% — к рифампицину. Среди антибиотиков второй линии авторы зафиксировали наибольшую устойчивость к левофлоксацину (17,6%) и амикацину (7,3%). Они выявили новые гены резистентности, при этом не было обнаружено мутаций в одном гене или небольшой группе генов, ассоциированных с устойчивостью к новым антибиотикам, а роль большинства обнаруженных вариантов остается неясной.

Авторы исследования считают, что полученные данные позволят делать более обоснованные предсказания относительно развития той или иной формы резистентности микобактерий. А обширная карта геномов изолятов M. tuberculosis послужит основой для совершенствования молекулярно-генетической диагностики инфекции, совершенствовать методы молекулярно-генетической диагностики.

Crook D.W., et al. A data compendium associating the genomes of 12,289 Mycobacterium tuberculosis isolates with quantitative resistance phenotypes to 13 antibiotics. // PLoS Biol 2022, 20(8): e3001721. DOI: 10.1371/journal.pbio.3001721

https://pcr.news/novosti/issledovanie-bolee...rezistentnosti/



раздел новостей: Биология
08.08.2022 21:56  Vadim Sharov    
сообщение из темы: А так можно было?       к началу страницы  комментарии:  »
Тритоны способны к регенерации конечностей в течение всей жизни. У личинок это происходит за счет стволовых клеток, а у взрослой амфибии регенерация включает дедифференцировку клеток мышечных волокон в остатке конечности. Японские ученые установили, что для успешной регенерации взрослому тритону необходимы два процесса: пройденный метаморфоз и рост тела.
Тритоны отличаются от большинства хвостатых земноводных способностью отращивать утерянные конечность, в том числе неоднократно. Эта способность сохраняется и после метаморфоза. Японские ученые исследовали восстановление мышц при регенерации конечностей у огненнобрюхого тритона Cynops pyrrhogaster.

Ранее те же авторы установили, что в регенерации конечности у тритона до завершения метаморфоза (превращение из личинки, дышащей жабрами, во взрослую амфибию) используются стволовые клетки-предшественники, а после метаморфоза, в возрасте года-полутора регенерацию обеспечивают мышечные клетки культи, которые дедифференцируются в миогенные клетки. Последнее отличает тритона от других амфибий, которые после превращения регенерировать конечности не могут. Однако оставалось неясным, какой процесс регулирует дедифференцировку — метаморфоз или рост тела.

Для наблюдения за клетками мышечных волокон исследователи разработали систему на основе экспрессии флуоресцентных белков EGFP и N-mCherry. С помощью CRISPR-Cas они создали тритонов-альбиносов, в которых удобно наблюдать флуоресценцию, получили от них яйцеклетки и трансформировали их кассетой для экспрессии зеленого EGFR и красного mCherry. В отсутствие рекомбинации по сайтам LoxP, которыми окружен ген EGFP, в клетках экспрессируется EGFP. В составе этой же экспрессионной кассеты находится ген, кодирующий рекомбиназу Cre. Ее экспрессия запускалась добавлением тамоксифена, после этого рекомбиназа удаляла ген EGFP и запускалась экспрессия гена mCherry, стоящего после него: клетки скелетных мышц начинали светиться красным. Это позволяло отслеживать их судьбу во время регенерации.

В новом исследовании они сравнили тритонов с обычным развитием и гигантских личинок тритона, у которых метаморфоз был заблокирован добавлением тиомочевины.

Когда ученые специфически индуцировали рекомбинацию в многоядерных мышечных волокнах с помощью 4-гидрокситамоксифена (4-OHT), в результате чего от 17 до 42% всех ядер в мышечных волокнах начинали экспресссировать только N-mCherry. Сателлитные клетки, также присутствующие в мышцах, никогда не экспрессировали N-mCherry, поэтому все ядра, которые были визуализированы, принадлежали только многоядерным миоцитам.

Ученые отследили перемещения ядер мышечных волокон в область бластемы, то есть регенерирующей конечности. Хотя передние лапки у гигантских личинок отрастали столь же успешно, у них не происходила дедифференцировка мышечных волокон и нарушался процесс формирования пальцев. В ходе метаморфоза у этих личинок восстанавливалось нормальное формирование пальцев и наблюдалась дедифференцировка мышечных клеток, как и у обычных взрослых тритонов.

Исследователи отметили, что дедифференцировка мышц происходила только у особей, длина тела которых превышала 6 см. Тритоны достигают такого размера примерно к 1,1 года, однако рост можно искусственно замедлить, понизив температуру воды с предпочтительной (18–20 °C) до низкой (12 °C). Авторы работы показали, что у тритонов, содержащихся в холодной воде, после удаления конечности дедифференцировки мышечных волокон при регенерации не происходило — она начиналась, только когда тритоны дорастали до 6,5 см.

Таким образом, для успешной дедифференцировки мышечных волокон, обеспечивающей регенерацию лапки, тритону необходимы как прохождение метаморфоза, так и достижение определенной длины тела, то есть рост. Наиболее разумным объяснением механизма, отвечающего за этот путь регенерации, авторы считают изменения микроокружения, или «ниши» стволовых клеток, подавляющие их участие.

Yu, Z.Y., et al. The latent dedifferentiation capacity of newt limb muscles is unleashed by a combination of metamorphosis and body growth // Scientific Reports, 12, 11653, 2022, DOI: 10.1038/s41598-022-15879-z

https://pcr.news/novosti/chto-nuzhno-triton...tit-konechnost/


раздел новостей: Биология
08.08.2022 20:12  Vadim Sharov    
сообщение из темы: А так можно было?       к началу страницы  комментарии:  »
Регенерация конечности ксенопуса в биореакторе

В Science Advances было опубликовано исследование, посвященное регенерации ампутированной конечности при помощи носимого биореактора. Модельным организмом в данном случае служила шпорцевая лягушка Xenopus laevis, поскольку ее лимитированные способности к регенерации во взрослом возрасте сходны с таковыми у человека. В то же время способности к регенерации на ранних стадиях развития у лягушек существенно выше. Авторы использовали специальную конструкцию для доставки пяти препаратов, стимулирующих регенерацию тканей (BDNF, гормон роста, резолвин D5, 1,4-DPCA и ретиноевая кислота). Носимый на месте ампутированной конечности биореактор в течение 24 часов высвобождал про-регенеративные препараты. В результате ампутированная конечность отросла, нормальный паттерн тканей и функциональность восстановились. Формирование новой конечности происходило в течение 18 месяцев. Она имела кожу, костную ткань, сосуды и нервы, и сложность ее устройства и функциональность существенно превышали таковые у контрольных животных. В то же время кости пальцев не были полноценно сформированы. Секвенирование РНК формирующихся на ранних этапах восстановления тканей указывает на активацию путей эмбрионального развития, таких как Wnt/β-catenin, TGF-β, hedgehog и Notch.

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abj2164

https://pcr.news/stati/voskresnoe-chtenie-o...24-30-dekabrya/


раздел новостей: Биология
Микробиомное

Причиной боли при синдроме раздраженного кишечника может быть Klebsiella aerogenes

Эксперименты на мышах и анализ образцов от пациентов показали, что боль в животе при синдроме раздраженного кишечника связана с присутствием в микрофлоре Klebsiella aerogenes. Эта бактерия продуцирует гистамин, который привлекает в кишечник тучные клетки. Накопление тучных клеток и вызывает болевой синдром.

https://pcr.news/novosti/prichinoy-boli-pri...ella-aerogenes/

Другая гипотеза

Причиной синдрома раздраженного кишечника может быть бактерия Brachyspira

Ученые из Гётеборгского университета (Швеция) обнаружили бактерию Brachyspira во внутренней слизистой оболочке кишечника у 40% пациентов с синдрома раздраженного кишечника СРК, связанным с диареей. При терапии метронидазолом бактерии переместились в секреторные гранулы бокаловидных клеток, что, по-видимому, помогло им уйти от антибиотика.

https://pcr.news/novosti/prichinoy-sindroma...ya-brachyspira/

Ссылки на статьи
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/14988823/

Giada De Palma, et al. Histamine production by the gut microbiota induces visceral hyperalgesia through histamine 4 receptor signaling in mice // Science Translational Medicine, published 27 July 2022, Vol 14, Issue 655, DOI: 10.1126/scitranslmed.abj1895

Jabbar K.S., et al. // Association between Brachyspira and irritable bowel syndrome with diarrhoea. // Gut, 2020; DOI: 10.1136/gutjnl-2020-321466

Эффективность пребиотической терапии не зависит от выбора пребиотика

Кишечные бактерии превращают пищевые волокна в короткоцепочечные жирные кислоты, благотворно влияющие на организм. В исследовании с участием 28 здоровых добровольцев ученые из США показали, что эффективность пищевых добавок с волокнами определяется привычной диетой человека и не зависит от типа препарата.

https://pcr.news/novosti/effektivnost-prebi...ora-prebiotika/

Holmes Z.C., et al. Microbiota Responses to Different Prebiotics Are Conserved Within Individuals and Associated with Habitual Fiber Intake // Microbiome 10, 114 (2022), published online 29 July 2022. DOI: 10.1186/s40168-022-01307-x
Цитата по пресс-релизу https://www.eurekalert.org/news-releases/960356

An expanded reference map of the human gut microbiome reveals hundreds of previously unknown species
The gut is the richest ecosystem of microbes in the human body and has great influence on our health. Despite many efforts, the set of microbes inhabiting this environment is not fully known, limiting our ability to identify microbial content and to research it. In this work, we combine new microbial metagenomic assembled genomes from 51,052 samples, with previously published genomes to produce a curated set of 241,118 genomes. Based on this set, we procure a new and improved human gut microbiome reference set of 3594 high quality species genomes, which successfully matches 83.65% validation samples’ reads. This improved reference set contains 310 novel species, including one that exists in 19% of validation samples. Overall, this study provides a gut microbial genome reference set that can serve as a valuable resource for further research.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-31502-1


раздел новостей: Биология
03.08.2022 22:38  Vadim Sharov    
сообщение из темы: Про биолаборатории и грядущие пандемии       к началу страницы  комментарии:  »
Люди заражались SARS-CoV-2 от животных не менее двух раз

Статистические исследования случаев COVID-19 в Ухане зимой 2019–2020 года и филогенетический анализ ранних геномов вируса в очередной раз подтверждают: пандемия началась на оптовом рынке морепродуктов в Ухане. Наиболее вероятно, что передача вируса от животных человеку произошла как минимум дважды, дав начало линиям В и А SARS-CoV-2. Все еще неизвестно, какие события предшествовали появлению коронавируса на рынке.

Подобнее: https://pcr.news/novosti/lyudi-zarazhalis-s...enee-dvukh-raz/

Worobey M., Levi J., Serrano L. et al. The Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan was the early epicenter of the COVID-19 pandemic // Science, 26 Jul 2022. DOI 10.1126/science.abp8715

Pekar J.M. et al. The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2 // Science. 26 Jul 2022. DOI: 10.1126/science.abp833


раздел новостей: Биология
24.07.2022 21:17  Vadim Sharov    
сообщение из темы: Эволюционное       к началу страницы  комментарии:  »
Насекомые получили тысячи генов от растений и микроорганизмов

Исследователи из Китая и США провели полногеномный скрининг 218 геномов насекомых и показали, что горизонтальный перенос генов (ГПГ) чрезвычайно широко распространен среди них. Анализ выявил 741 акт ГПГ, привнесший 1410 генов от бактерий, грибов, растений, вирусов и из других источников. Особенно часто ГПГ встречается у чешуекрылых, причем ген, полученный от бактерий, отвечает за брачные ритуалы самцов.
Горизонтальный перенос генов (ГПГ) — важнейший фактор эволюции геномов прокариот и эукариот. За последние годы появились сообщения о ГПГ у насекомых, причем в качестве доноров выступают не только внутриклеточные эндосимбионты насекомых Wolbachia, но и другие бактерии, грибы, растения, вирусы. Перенесенные гены имеют важное значение. Так, гены биосинтеза каротиноидов, полученные от грибов тлями, важны для окраски тела последних, а гены детоксикации фенольных гликозидов используются белокрылками, хотя изначально принадлежали растениям. Авторы новой работы, вышедшей в Cell, оценили, насколько широко ГПГ распространен среди насекомых. Для этого они выполнили масштабный полногеномный поиск случаев ГПГ в 218 геномах насекомых.
Отобранные для исследования геномы принадлежали представителям 11 из 19 наиболее крупных отрядов насекомых. В общей сложности авторы работы нашли 1410 генов, переданных путем ГПГ, в 192 геномах. Вероятно, они были приобретены за 741 акт ГПГ от организмов, отличных от животных. Большая часть событий ГПГ (79%) была связана с бактериями, 13,8% ГПГ произошли между насекомыми и грибами, 3% генов были получены от растений, 2,6% — от вирусов и 1,6% — из иных источников. Среди бактерий в ГПГ с насекомыми чаще всего участвовали представители родов Wolbachia (3%), Serratia (3%), Bacillus (2%), Pseudomonas (2%) и Paenibacillus (2%). Некоторые виды-доноры вступали в ГПГ только с насекомыми определенных систематических групп.
Помимо общей высокой распространенности ГПГ среди насекомых, авторы работы показали, как ГПГ повлиял на биологию чешуекрылых (Lepidoptera). Среди всех насекомых они наиболее охотно вступали в ГПГ в ходе эволюции. Общий предок бабочек и молей получил от бактерии рода Listeria ген LOC105383139, который присутствует практически у всех ныне живущих бабочек и молей. Чтобы изучить функцию этого гена, авторы произвели его нокаут с помощью системы CRISPR-Cas9 у капустной моли (Plutella xylostella). Выяснилось, что полученный от бактерий участок генома отвечает за половое поведение, точнее, брачные ритуалы у самцов. Этот вывод авторы работы дополнительно подтвердили с помощью серий скрещиваний.
Yang Li, et al. HGT is widespread in insects and contributes to male courtship in lepidopterans // Cell (2022). Published July 18, 2022, DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.014

https://pcr.news/novosti/nasekomye-poluchil...ikroorganizmov/


раздел новостей: Биология Первый международный симпозиум «Биохимия и биофизика ДНК в нанотехнологиях и медицине»;  14-15 мая 2018, Минск, Беларусь
27.03.2018 17:04  nauk / yack           к началу страницы  комментарии: 309
Первый международный симпозиум «Биохимия и биофизика ДНК в нанотехнологиях и медицине», 14-15 мая 2018 г., Белорусский государственный педагогический университет, Минск, Беларусь.

Скачать регистрационую форму (Word) | информационное письмо на английском (PDF) | информационное письмо на русском (PDF)

ТЕМАТИКА:
• Биохимия и биофизика нуклеиновых кислот
• Хроматин и эпигенетика
• Связывание лигандов с ДНК
• Генотипирование
• ДНК-сенсоры
• Медицинская диагностика на базе ДНК
• ДНК-анализ в судебной экспертизе

ОРГАНИЗАЦИОННЫЙ КОМИТЕТ:
Зеленкевич В.М., к.т.н., проректор по учебной работе БГПУ
Науменко Н.В., к.с.-х.н., декан факультета естествознания БГПУ
Жилко В.В., к.х.н., заведующий кафедрой химии БГПУ
Егорова В.П., к.б.н., доцент кафедры химии БГПУ
Крылова Г.В., к.ф.-м.н., в.н.с., физический факультет БГУ
Тейф В.Б., к.х.н., зав. лаборатории генной регуляции, Университет Эссекса

ПРОГРАММНЫЙ КОМИТЕТ:
Эренпрейса Е.А., академик (Латвийский центр биомедицинских исследований)
Бабенко А.С., к.х.н. (Белорусский государственный медицинский университет)
Блохин А.П., д.ф.-м.н. (Институт физики НАН Беларуси)
Егорова В.П., к.б.н. (Белорусский государственный педагогический университет)
Евстигнеев М.П., д.ф.-м.н. (Севастопольский государственный университет)
Крот В.И., к.б.н. (Белорусский государственный университет)
Кручинин С.П., д.ф.-м.н. (Институт теоретической физики НАН Украины)
Крылова Г.В., к.ф.-м.н. (Белорусский государственный университет)
Лахвич Т.Т., к.х.н. (Белорусский государственный медицинский университет)
Нечипуренко Ю.Д., д.ф.-м.н. (Институт молекулярной биологии РАН)
Рузов А.С., к.б.н. (Университет Ноттингема)
Тейф В.Б., к.х.н. (Университет Эссекса)
Трифонов Р.Е., д.х.н (Санкт-Петербургский государственный университет)
Цыбовский И.С., к.х.н. (Государственный комитет судебных экспертиз Республики Беларусь)

СЕКРЕТАРИАТ:
Асаёнок А.А., Козлова-Козыревская А.Л., Мицкевич Е.Н., Огородник В.Э.

ИНСТРУКЦИЯ ПО ОФОРМЛЕНИЮ МАТЕРИАЛОВ КОНФЕРЕНЦИИ:
Программа конференции включает в себя пленарные доклады (50 мин), секционные доклады (20 минут) и постерные презентации. Оформление резюме докладов осуществляется следующим образом: Текст должен быть в редакторе Word, размер кегля 12, шрифт - Times New Roman. Поля: 25 мм. Максимальный объем текста – 200 слов. Допускается использовать английский или русский языки. Рекомендуется использовать английский. Оргкомитет оставляет за собой право отклонить материалы, не соответствующие тематике или оформленные без соблюдения вышеуказанных правил. Материалы доклада должны быть высланы по адресу egorova_vp@bspu.by до 1 мая 2018 г.

Резюме всех докладов будут опубликованы в сборнике симпозиума. Избранные доклады (статьи) будут рекомендованы к публикации в специальном выпуске журнала Nonlinear Phenomena in the Complex Systems (Индексируется в SCOPUS).

РЕГИСТРАЦИЯ:
Для регистрации заполните регистрационную форму и отправьте ее вместе с резюме доклада и копией платежного документа по адресу egorova_vp@bspu.by. Регистрационный взнос 150 евро. (Cумма, эквивалентная 150 евро в белорусских рублях по курсу Национального банка на день оплаты). Студенты и аспиранты оплачивают 50% регистрационного взноса. Оплата должна быть произведена до 1-го мая 2018 г.

Контактная информация:
Егорова Валентина Петровна
Кафедра химии
Белорусский государственный педагогический университет
Ул. Советская, 18
Минск, 220030, Беларусь
Tel. +375 29 330 64 03
E-mail: egorova_vp@bspu.by
Web-site: http://conf.bspu.by
Twitter: @MinskDNA2018

Скачать регистрационую форму (Word) | информационное письмо на английском (PDF) | информационное письмо на русском (PDF)


раздел новостей: Биология Междисциплинарный семинар «Биология развития»;  Молекулярные основы развития коры головн
22.03.2018 18:59  boguslavsky / yack           к началу страницы  комментарии: 728
Уважаемые коллеги!

В ПОНЕДЕЛЬНИК 26 марта 2018 года в 13-00 состоится Междисциплинарный семинар «Биология развития» (Москва, Вавилова 26).

Докладчик: Тарабыкин Виктор Степанович, директор Института клеточной биологии и нейробиологии Медицинского университета Шарите (Германия, Берлин). зав. лабораторией генетики развития мозга Нижегородского государственного университета.

Тема семинара: Молекулярные основы развития коры головного мозга.

Кора головного мозга считается главным достижением эволюции млекопитающих. Она формирует биологическую основу когнитивных способностей человека, которые включает в себя язык, решение проблем, рассуждение, принятие решений, память.
Развитие коры является сложноорганизованным процессом, нарушение которого приводит к широкому спектру патологий развития известных как пороки развития коры головного мозга.
В процессе развития коры, нейронные предшественники, расположенные в вентрикулярной зоне переднего мозга, генерируют разные типы проекционных нейронов, которые расположены в шести слоях зрелого мозга. Нейроны внутри каждого слоя рождаются в одно и то же время и имеют сходные морфологию и нейрональные связи. Молекулярные механизмы, которые контролируют клеточную судьбу нейронов коры и установление связей с другими нейронами все еще не изучены.
В последние годы наши исследования были сосредоточены на выявлении и характеристике генов, которые контролируют спецификацию судьбы стволовых клеток в коре головного мозга и их дифференцировку. Мы используем методы как прямой, так и обратной генетики для выявления таких генов и изучения молекулярного механизма их действия. Несколько примеров таких генов будет представлено.


Избранные публикации


Sip1 downstream Effector ninein controls neocortical axonal growth, ipsilateral branching, and microtubule growth and stability.
Srivatsa S, Parthasarathy S, Molnár Z, Tarabykin V.
Neuron. 2015 Mar 4;85(5):998-1012. doi: 10.1016/j.neuron.2015.01.018.

Ntf3 acts downstream of Sip1 in cortical postmitotic neurons to control progenitor cell fate through feedback signaling.
Parthasarathy S, Srivatsa S, Nityanandam A, Tarabykin V.
Development. 2014 Sep;141(17):3324-30. doi: 10.1242/dev.114173. Epub 2014 Aug 1.

Unc5C and DCC act downstream of Ctip2 and Satb2 and contribute to corpus callosum formation.
Srivatsa S, Parthasarathy S, Britanova O, Bormuth I, Donahoo AL, Ackerman SL, Richards LJ, Tarabykin V.
Nat Commun. 2014 Apr 17;5:3708. doi: 10.1038/ncomms4708.

Sip1 regulates sequential fate decisions by feedback signaling from postmitotic neurons to progenitors.
Seuntjens E, Nityanandam A, Miquelajauregui A, Debruyn J, Stryjewska A, Goebbels S, Nave KA, Huylebroeck D, Tarabykin V.
Nat Neurosci. 2009 Nov;12(11):1373-80. doi: 10.1038/nn.2409. Epub 2009 Oct 18.
PMID: 19838179

Satb2 is a postmitotic determinant for upper-layer neuron specification in the neocortex.
Britanova O, de Juan Romero C, Cheung A, Kwan KY, Schwark M, Gyorgy A, Vogel T, Akopov S, Mitkovski M, Agoston D, Sestan N, Molnár Z, Tarabykin V.
Neuron. 2008 Feb 7;57(3):378-92. doi: 10.1016/j.neuron.2007.12.028.

Место проведения семинара: конференц-зал Института биологии развития
им. Н.К. Кольцова РАН, улица Вавилова, 26. (М. Ленинский проспект).
Вход свободный. На входе необходимо сказать, что Вы идете на семинар.


Подробную информацию о семинаре можно также узнать на сайте: http://idbras.comcor.ru


раздел новостей: Биология Мастер-класс PicoQuant по времяразрешенной флуоресцентной спектроскопии
21.09.2016 17:41  Technoinfo / afanasev-max           к началу страницы  комментарии: 943
user posted image

Уважаемые коллеги!

Приглашаем Вас принять участие в мастер-классе по времяразрешенной флуоресцентной спектроскопии, организованном компанией Technoinfo совместно с PicoQuant. Мастер-класс пройдет 12 октября в ИБХФ РАН . Начало в 11:00.
В рамках мастер-класса состоятся лекции Dr. Christian Litwinski (PicoQuant GmbH, Berlin) и член-корр. РАН, д.ф-м.н., проф. Владимира Федоровича Разумова. После лекций будут организованы практические занятия на приборе FluoTime300.

Для участия в практических занятиях необходимо подать заявку до 10 октября с указанием номера группы. Можно принести свой образец по предварительному согласованию.


Программа мастер-класса во вложении. Заявки на участие просим высылать на почту d.pleshkov@technoinfo.ru с указанием ФИО, контактных данных и места работы.

Место проведения: ИБХФ РАН, конференц-зал, адрес: ул. Косыгина, 4, Москва
Начало: 11:00
Рабочий язык: английский

Программа мастер-класса:

11:00-11:10 Приветствие, представление участников
11:10-11:45 PicoQuant company introduction. Dr. Christian Litwinski
11:45-12:30 FluoTime 300 for Time-Resolved and Steady-State Spectroscopy.
Dr. Christian Litwinski
12:30-13:00 Особенности спектрально-кинетических характеристик фотолюминесценции коллоидных квантовых точек.
Товстун Сергей Александрович, Разумов Владимир Федорович
13:00-13:30 Кофе-брейк
13:30-15:00 Практические занятия на приборе FluoTime300. Первая группа
15:00-16:30 Практические занятия на приборе FluoTime300. Вторая группа
16:30-18:00 Практические занятия на приборе FluoTime300. Третья группа


Организаторы:
- компания PicoQuant,
- компания Техноинфо,
- лаборатория процессов фотосенсибилизации ИБХФ РАН
Контактное лицо:
Дмитрий Плешков, тел. +7 926 610-91-79, e-mail: d.pleshkov@technoinfo.ru.


Файл/ы:

скачать файл PicoQuant__________.pdf
размер: 207.67к
кол-во скачиваний: 2908




раздел новостей: Биология Коллоквиум по регенеративным технологиям в медицине
21.04.2016 18:59  daribrand / afanasev-max           к началу страницы  комментарии: 332
28 апреля в Сколтехе пройдет коллоквиум проф. Али Хадемхоссейни, «Нано- и микро-гидрогели для регенеративных технологий», посвященный искусственным материалам, сочетающим достижения полимерной химии, нанотехнологий и биологии, которые могут быть использованы для создания высокоэффективных видов лечения.

О спикере:
Али Хадемхоссейни, профессор Гарвардской медицинской школы, Кембриджского Университета и преподаватель отделения медицинских наук и технологий Гарварда-МТИ, Массачусетского технологического института. Его научная группа занимается созданием средств восстановления тканей при помощи водосодержащих полимерных сеток, так называемых «гидрогелей», которые могут управлять поведением клеток.

В частности, они разработали фотосшиваемые гибридные гидрогели, объединяющие природные биомолекулы и наночастицы, управляющие химическими, биологическими, механическими и электрическими свойствами гелей. Этот функциональный клеточный каркас способствует дифференциации стволовых клеток на необходимые типы и управляет формированием васкуляризированных тканей сердца или костных тканей. Поскольку функции тканей в значительной степени зависят от их структуры, для производства миниатюризованных тканей научная группа проф. Хадемхоссейни использовала микротехнологические методы, такие как микрогидродинамику, фотолитографию, печать органических тканей и литье, для управления структурой данных материалов.

Для воспроизведения сложной структуры тканей группа также разработала методики направленной сборки, позволяющие объединить малые тканевые модули в большие образования. Ожидается, что такие подходы приведут к разработке методов регенеративного лечения и биомедицинских устройств нового поколения.

Когда? Четверг, 28 апреля 2016 года, 13:00
Где? Сколковский институт науки и технологий, улица Нобеля, 3. Аудитория 402

Коллоквиум проводится в Сколковском институте науки и технологий совместно с Центром по проектированию, производственным технологиям и материалам. Язык коллоквиума – английский.

За дополнительной информацией об участии и другим вопросам обращайтесь к Екатерине Кузьминой (e.kuzmina@skoltech.ru)


Картинки:
ali2.jpg - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку
ali2.jpg — (66.36к)   



раздел новостей: Биология VI Международная конференция ФизтехБио;  24-28 мая 2016, г. Долгопрудный
31.03.2016 13:34  Pharmcluster / afanasev-max           к началу страницы  комментарии: 1089
Приглашаем на VI Международную конференцию ФизтехБио!

Даты: 24-28 мая 2016 г.
Место проведения: Долгопрудный, Московская обл., Московский физико-технический институт
Организаторы: НП «Центр развития Биофармацевтического кластера «Северный», Центр живых систем МФТИ, НИИ Молекулярной биологии и биофизики (НИИМББ). Конференция пройдет также при поддержке РНФ.


Регистрация и информация на сайте: физтехбио.рф



Международная конференция ФизтехБиo — крупная ежегодная конференция Биофармкластера "Северный", посвященная вопросам развития и новейшим достижениям в области «живых систем».

В этом году программа конференции поделена на два тематических блока и будет интересна как ученым и исследователям, так и стартаперам, венчурным фондам, бизнес-ангелам.

Научным фокусом ФизтехБио в этом году станут вопросы разработки новых лекарственных препаратов и технологий диагностики онкологических заболеваний. В рамках конференции пройдут научные сессии 21-ого Международного Симпозиума им. Чарльза Хайдельбергера по исследованию рака.

Программа Симпозиума включает в себя темы по эпидемиологии рака, механизмам канцерогенеза, микроокружению опухоли, метастазам, генетике и эпигенетика рака, таргетной терапии рака и нейроонкологии. В программе примут участие известные специалисты в области онкологии, в том числе Кертис Харрис (США), Кларк Чен (США), Израиль Влодавский (Израиль), Карл-Хайнрих Линк (Германия), Евгений Имянитов (Россия), Михаил Чернов (Япония) и многие другие.

В рамках Симпозиума в первый день конференции будет проведена Школа молодых ученых, посвященная молекулярной и клинической онкологии, лечению раковых заболеваний.

На протяжении всех дней конференции будет работать выставка постерных докладов, в которой также можно принять участие всем желающим.

В рамках бизнес-блока мероприятий пройдут питч-сессии стартапов и проектов по четырем направлениям:

• Фармацевтика
• Медицинская техника
• Агробиотехнологии
• Нейротехнологии

Мероприятие пройдет при поддержке ООО "Кси Венчурс", управляющего товарища «Посевного фонда в области живых систем», заинтересованного в отборе наиболее перспективных инновационных проектов для их дальнейшего финансирования и развития.

Приглашаем всех молодых предпринимателей, разработчиков, исследователей выступить с презентацией своего проекта! Победители конкурса питч-презентаций получат право на программу по акселерации для своего стартапа и уникальную возможность поехать на международную выставку и конференцию BIO International Convention-2016 в Сан-Франциско в июне этого года!

Бизнес-блок также включает в себя выставочную экспозицию профильных компаний. Приглашаем компании и организации в области фармацевтики, медицинской техники, биотехнологий, нейротехнологий и инновационного агросектора принять участие и стать экспонентом нашей конференции!

В предыдущей V Международной конференции ФизтехБио приняло участие более 400 делегатов, среди которых были представители Министерств и Правительства РФ, ректоры университетов, ведущие сотрудники НИИ и институтов РАН, зарубежные ученые, участники и индустриальные партнеры Биофармацевтического кластера «Северный». 70 спикеров выступили с научными докладами, более 60 стендов постерных докладов молодых ученых и стендов медицинских и биотехнологических компаний украшали экспозицию конференции.


По всем вопросам обращайтесь в Оргкомитет Конференции:

Биофармкластер «Северный» на базе МФТИ
Адрес: Московская обл., г. Долгопрудный, Институтский пер., д.9, стр.7
Телефон: +7 (495) 408 42 00
E-mail: conference@pharmcluster.ru
www.pharmcluster.ru


Картинки:
_____________.jpg - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку
_____________.jpg — (1.53мб)   



раздел новостей: Биология Мастер-класс: Спектроскопические методы для определения структуры и свойств биомолекул;  Applied Photophysics, ИНБИ, Technoinfo
23.03.2016 21:05  Technoinfo / afanasev-max           к началу страницы  комментарии: 4041
Компания Applied Photophysics (UK) совместно с Институтом Биохимии им. А.Н. Баха и компанией Technoinfo приглашает Вас принять участие в

мастер-классе

Спектроскопические методы для определения структуры и свойств биомолекул

4-5 апреля
.


user posted image



Место проведения: Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН. Конференц-зал, 3 этаж.
Докладчик: Anna Łęczkowska, PhD, Applied photophysics application scientist (UK).

user posted image

ПРОГРАММА МАСТЕР-КЛАССА


4 АПРЕЛЯ

11:00 – 11:10. Приветствие участников.
11:10 – 13:30. Спектроскопия кругового дихроизма (КД), автоматизированная КД-спектроскопия, количественный КД. Изучение структуры и свойств биомолекул, определение вторичной и третичной структуры белков, конформационной стабильности, биосовместимости. Лекция. Anna Łęczkowska
13:30-14:30. Кофе-брейк
14:00-15:00. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 1 группа
15:00-16:00. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 2 группа
16:00-17:00. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 3 группа

5 АПРЕЛЯ

11:00-13:00. Спектроскопия остановленного потока (Stopped flow). Ферментативный катализ, фолдинг/рефолдинг белков, связывание лигандов и лекарств с белками и ДНК/РНК, кинетика в координационной химии. Совместное использование методов КД и stopped flow. Лекция. Anna Łęczkowska
13:00-14:00. Кофе-брейк
13:30-14:30. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 4 группа
14:30-15:30. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 5 группа
15:30-16:30. Практические занятия на КД-спектрометре Chirascan. 6 группа

!!!Для участия в практических занятиях необходимо подать заявку на pleshkov@technoinfo.ru до 1 апреля с указанием номера группы. Можно принести свой образец по предварительному согласованию.!!!


Организаторы:

- Институт биохимии им. А.Н. Баха РАН
- Компания Applied Photophysics
- Компания Техноинфо
Ответственное лицо: Дмитрий Плешков, специалист отдела биологии и биотехнологий Техноинфо,
Контакты: тел. +7 926 610-91-79, e-mail: pleshkov@technoinfo.ru

Компания Applied Photophysics - производитель высокоточных спектрометров для изучения кругового дихроизма, лазерного импульсного фотолиза и кинетики процессов в остановленном потоке.

Техноинфо является официальным дистрибьютором компании Applied Photophysics, которая специализируется на производстве высокоточных спектрометров для изучения кругового дихроизма, лазерного импульсного фотолиза и кинетики процессов в остановленном потоке

Presenter profile - Dr Anna Łęczkowska

user posted image

Anna has over 10 years of academic experience in interdisciplinary research including the life sciences and medicinal chemistry areas. Her research interests lie at the interface between chemistry and biology with a particular focus on using spectroscopic tools for pharmaceutical applications. These include studying the function and structural features of natural biomolecules, both proteins and nucleic acids, as well as exploring synthetic systems for medicinal applications.


Файл/ы:

скачать файл APL________________________._______.pdf
размер: 278.26к
кол-во скачиваний: 21278



скачать файл Chirascan_qCD_Brochure___v3.pdf
размер: 2.93мб
кол-во скачиваний: 41652




раздел новостей: Биология Трехнедельные онлайн-курсы по программированию, молекулярной биологии и введению в Linux на русском языке;  Онлайн-курсы Института биоинформатики
20.10.2014 21:49  bioinforussia / afanasev-max           к началу страницы  комментарии: 179
three_logos.png - кликните, чтобы открыть увеличенную картинку

Институт биоинформатики открывает регистрацию на трехнедельные онлайн-курсы, которые начнутся 10 ноября.

Курсы проведут преподаватели Института на русском языке.Каждый курс рассчитан 3-4 часа еженедельной нагрузки и состоит из коротких видео-уроков и небольших заданий.

Для участия не нужно обладать специализированными знаниями или заниматься биоинформатикой. Курсы базовые и рассчитаны на широкую аудиторию. Они подойдут всем желающим освоить начальные навыки программирования, разобраться с работой в операционной системе Linux или узнать больше о генетике и молекулярной биологии.

Присоединяйтесь!

http://bioinformaticsinstitute.ru/online

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): CowDoc


раздел новостей: Биология Эмбрионы, эволюция и длина первичных транскриптов: размер имеет значение
13.08.2014 21:44  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 176
картинка: Transcript_length.pngТрадиционно принято считать, что изменения длины транскриптов являются эволюционно нейтральными событиями. Тем не менее, очевидно, что чем длиннее ген, тем больше клеточных ресуров он требует для транскрипции. И, что немаловажно, для транскрипции длинных генов необходимо значительное время. Например, рекордсмен по длине первичного транскрипта, человеческий ген дистрофина (2.3 Мб), транскрибируется около 16ч. Однако, транскрипция со всех трех классов полимераз прекращается во время митоза. Абортивные транскрипты при этом деградируют в ядре при участии малоизученного механизма. Следовательно, в интенсивно пролиферирующих клетках транскрипция длинных генов должна быть затруднена или вообще невозможна. Поскольку длина первичных транскриптов определяется в основном размером интронов, этот феномен был назван интронной задержкой (intronic delay). Интронная задержка может играть важную роль в различных процессах. Например, она обеспечивает осцилляцию ряда генов при формировании сомитов позвоночных. У "быстрых" генов, например участвующие в клеточном ответе на стресс, низкая плотность интронов.

Рассматриваемая статья посвящена анализу феномена интронной задержки в полногеномном масштабе. Для выяснения связи длины транскриптов и интенсивностью пролиферации были выбраны эмбрионы дрозофилы. Как известно, у дрозофилы деления дробления не сопровождаются формированием клеточных мембран и происходят очень быстро: первые 9 делений занимают около 9 минут каждое, затем еще 4 деления занимают по 17 минут, а 14е деление происходит еще через час, которое завершается целлюляризацией. В ходе анализа эмбрионального транскриптома авторы подтвердили ряд предсказаний теории интронной задержки: зиготические транскрипты короче материнских; на ранних стадиях дробления доля генов без интронов выше, чем на более поздних; разница в уровнях экспрессии длинных и коротких генов уменьшается по мере удлинения клеточного цикла в ходе эмбриогенеза. Показано, что эти эффекты обусловлены не различиями в скорости инициации транскрипции или в скорости деградации РНК, а тем, что длинные гены не успевают транскрибироваться. На ранних стадиях обнаружено большое число абортивных 5'-транскриптов, тогда как на более поздних стадиях их пропорция по отношению к нормальным уменьшается. Кроме того, авторы сравнили интронную задержку у разных видов дрозофилы. Оказалось, что она не является, как считалось раньше, селективно-нейтральной. Короткие транскрипты, экспрессирующиеся на ранних стадиях, испытывают существенное давление отбора против увеличения размеров; этот эффект проявляется сильнее на генах с высоким уровнем экспрессии. Некоторые данные позволяют предположить, что эффект интронной задержки имеет место и у позвоночных.

Таким образом, размер интронов сам по себе является существенным фактором, влияющим на паттерн экспрессии генов, структуру и эволюцию геномов.


Картинка из рассматриваемой статьи: Зависимость уровня экспрессии генов от стадии развития (А и В – два разных набора данных).

Источник: Artieri and Fraser. Transcript length mediates developmental timing of gene expression across Drosophila. Mol Biol Evol. 2014 Jul 28. pii: msu226. [Epub ahead of print]
Статья в открытом доступе.

Всего благодарностей: 5Поблагодарили (5): Replikant, OlgaGen, Vadim Sharov, genseq, klav


раздел новостей: Биология Пролиферация гепатоцитов: Rb vs YAP
11.08.2014 21:39  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 191
картинка: Organ_Size_Control_Is_Dominant_over_Rb_Family_Inactivation.jpgБелки семейства Rb (от Retinoblastoma) являются ключевыми регуляторами клеточного цикла, запрещая переход от G0 к G1. Они связываются с транскрипционным фактором E2F, регулируя экспрессию ряда генов клеточного цикла. Инактивация Rb приводит к неконтролируемой пролиферации и инициации онкогенеза. Неудивительно, что гены Rb оказываются мутированными в клетках самых разных опухолей. Однако, как выяснилось, "всевластие" Rb оказалось не столь безгранично, как считалось ранее.

Статья в Cell Reports посвящена роли Rb в регуляции пролиферации гепатоцитов. Печень млекопитающих примечательна необычно высокой способностью к регенерации, в том числе и после частичной гепатэктомии. Поэтому, вследствие высокого пролиферативного потенциала, гепатоциты являются хорошей моделью для изучения регуляции клеточного цикла. Исследователи провели кондиционный нокаут всех трех генов семейства Rb в гепатоцитах взрослых мышей – Rb, p107 и p130 (TKO, triple-knockout). К удивлению авторов, TKO в зрелых гепатоцитах (в отличие от предшественников оных) привел лишь к временной активации пролиферации – через некоторое время клетки опять переставали делиться. Это означает, что активность Rb является не единственным механизмом ареста клеточного цикла зрелых гепатоцитов. Дальнейшее изучение этого феномена показало, что прекращение пролиферации не зависит от p53-пути, а находится под контролем E2F. Сравнение транскриптомов покоящихся клеток дикого типа и "арестованных" TKO показало, что значительная часть генов, экспрессия которых оказалась подавлена в TKO-гепатоцитах, является мишенями YAP. YAP – транскрипционный фактор, ключевой участник сигнального каскада Hippo, играющего важную роль в эмбриональном развитии печени, контроле ее размера и онкогенной трансформации. Был отмечен пониженный уровень YAP и TEAD1, а также повышенный уровень фосфорилирования YAP. Выяснилось, что E2F и YAP регулируют сходный набор генов-мишеней. Трансформация TKO-гепатоцитов конститутивно-активной формой YAP приводила к активации генов-мишеней E2F и возобновлению пролиферации. Детали этого механизма не вполне ясны; предполагается, что E2F и YAP могут физически взаимодействовать на промоторах генов-мишеней.

Таким образом, в гепатоцитарных предшественниках пролиферативная активность контролируется белками семейства Rb. В зрелых же гепатоцитах вступает в игру Hippo-зависимый контроль размера органов, образуя дополнительный механизм контроля клеточного деления.

Источник:
Ehmer et al. Organ Size Control Is Dominant over Rb Family Inactivation to Restrict Proliferation In Vivo. Cell Rep. 2014 Jul 24;8(2):371-81.
Картинка – graphical abstract к обсуждаемой статье.
Статья в открытом доступе.


Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Vadim Sharov, Пасюк, hadw


раздел новостей: Биология В-клетки регулируют фенотип макрофагов и ответ на химиотерапию
20.08.2014 16:46  slavak4609 / Redactor           к началу страницы  комментарии: 51
картинка: B_Cells.pngВ-клетки поддерживают развитие плоскоклеточной карциномы путем депозиции иммунного комплекса в премалигнизированную ткань и активации миелоидных клеток. Истощение В-клеток усиливает инфильтрацию опухоли активированными лимфоцитами и улучшает ответ на химиотерапию. В-клетки и регулируемые ими пути представляются перспективными мишенями для противораковой терапии.

В-лимфоциты – главный компонент гуморального иммунитета, участвуют в продукции иммуноглобулинов, в презентировании антигенов, секретируют провоспалительные цитокины. Но иммунный ответ на опухоль не всегда связан с её подавлением. Противоопухолевые антитела могут защищать раковые клетки от атаки цитотоксичных Т-клеток, В-клетки могут поддерживать развитие опухоли. Авторы предположили, что В-клетки и регулируемые ими пути могут быть мишенями для комбинированного с химиотерапией лечения рака.

В окружении опухолей плоскоклеточной карциномы человека (squamous cell carcinoma (SCC)) наблюдалась усиленная транскрипция мРНК CD20 (поверхностного белка В-клеток) и иммуноглобулинов (Ig). Ранее на модельных SCC мышах было показано, что развитие SCC сопряжено со связыванием Ig c активированными рецепторами FcγR В-клеток. Поэтому авторы решили проверить терапевтическую эффективность подавления В-клеток с помощью моноклональных антител против CD20 и блокирования сигнального пути Fcγ с помощью селективных ингибиторов тирозинкиназы Syk. Оба этих агента эффективно подавляли прогрессию пре-SCC дисплазии в рак. Дефецит В-клеток приводил к неспособности поддерживать рост опухолей SCC. Если анти-CD20 вводили мышам одновременно с имплантацией сингенной SCC, они достоверно замедляли рост опухоли. Но если опухоль уже развилась, несмотря на ее сильную инфильтрацию Т-клетками существенного эффекта не наблюдалось. Химиотерапевтические средства, в частности паклитаксель, также не оказывали существенного влияния на развившуюся опухоль, но их комбинация с анти-CD20 приводила к регрессии опухолей. Прекращение терапии паклитакселем сопровождалось возобновлением роста опухоли, но последующее возобновление терапии опять вызывало регрессию.

Комбинированная терапия анти-CD20+паклитаксель перепрограммировала микроокружение SCC усиливая инфильтрацию опухоли CD8+ Т-клетками, что приводило к ускорению гибели раковых клеток. CD8+ Т-клетки, полученные из селезенки, обрабатывали культуральной средой макрофагов мышей леченных анти-CD20+паклитаксель. Эти макрофаги усиленно экспрессировали мРНК ряда цитокинов, связанных с мобилизацией лейкоцитов (в частности CCL5). Селезеночные CD8+ Т-клетки экспрессировали рецепторы CCR5 и CXCR3, связанные с сильным противоопухолевым ответом. Блокада CCR5 ослабляла хемотаксис CD8+ Т-клеток до уровня его у нелеченных мышей. Ограничение инфильтрации опухоли макрофагами путем нейтрализации соответствующими антителами фактора стимуляции роста колоний CSF1 восстанавливало ангиогенез в опухоли. Нейтрализация лечебного эффекта анти-CD20+ паклитаксель достигалась путем подавления CD8+ Т-клеток, а также химическим ингибитором CCR5. Таким образом, ответ на терапию регулируется CCR5-положительными CD8+ Т-клетками.

Вероятно, анти-CD20 будут полезны для лечения и других, отличных от SCC форм рака. Следует также определить терапевтическую эффективность блокирования регулируемых В-клетками путей, в частности подавление активности киназ Syk и ВТК.


Источник: Affara NI, Ruffell B, Medler TR, Gunderson AJ, Johansson M, Bornstein S, Bergsland E, Steinhoff M, Li Y, Gong Q, Ma Y, Wiesen JF, Wong MH, Kulesz-Martin M, Irving B, Coussens LM. B cells regulate macrophage phenotype and response to chemotherapy in squamous carcinomas. // Cancer Cell. 2014; V. 25: P. 809-821.

Подпись к рисунку: Истощение В-клеток перестраивает фенотип ассоциированных с опухолью макрофагов.
Слева: при развитии опухоли продукция аутоантител В-клетками приводит к внедрению иммунного комплекса (IC) в неопластическую ткань. Этот комплекс активирует рецептор FcγR, активирует ряд проопухолевых путей, включая ангиогенез, перестройку тканей и пути поддерживающие опухоль в окружающих тканях и в ассоциированных с опухолью макрофагах (ТАМ) ТН2.
Справа: терапия антителами против CD20 уменьшает количество В-клеток и иммуноглобулинов, в отсутствие которых развиваются ТН1 ТАМ, продуцирующие повышенный уровень ангиосатиков (CXCL10, 11) и хемокинов CCL, которые стимулируют инфильтрацию опухоли CD8+ Т-клетками и усиливают ответ на химиотерапию (СТХ).

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Danse, Vadim Sharov, Euglenalonga


раздел новостей: Биология Пальцы конечностей формируются в соответствии с алгоритмом Тьюринга
11.08.2014 00:03  xenopus / Redactor           к началу страницы  комментарии: 319
картинка: In_Turing_s_hands_the_making_of_digits.pngМатематик Алан Тьюринг известен не только как взломщик знаменитого кода «энигма» во II мировую войну, но и как автор математических моделей эмбриональных процессов. В частности, т.н. модель реакции-диффузии вошла во все современные учебники эмбриологии. Эта модель хорошо описывает такие процессы, как пигментация кожи рыб или распределение волосяных фолликулов в эмбриогенезе. В замечательной статье в Science испанские исследователи применили модель реакции-диффузии к совсем другому эмбриональному процессу — формированию пальцев при развитии конечностей. Традиционно считалось, что разметкой конечности управляет в основном сигнальный каскад Shh (Sonic hedgehog). Однако со временем накопилось значительное количество фактов, свидетельствующих о том, что разметка пальцев контролируется не активностью Shh, а каким-то другим самоорганизующимся процессом.

Авторы рассматриваемой статьи обратили внимание на тот факт, что экспрессия в зачатках конечностей раннего скелетного маркера Sox9, в норме и при определенных экспериментальных воздействиях напоминает модель Тьюринга. Сам Sox9 является не только downstream-эффектором, но и активным участником сети Тьюринга — он влияет на активность сигнальных каскадов BMP, Wnt и FGF. При этом активность каскадов BMP и Wnt оказывается в пространственной противофазе с экспрессией Sox9. Исходя из экспериментальных данных, авторы разработали мат. модель, суть которой понятна из приводимого рисунка: BMP активирует экспрессию Sox9, Wnt ее подавляет, а сам Sox9 подавляет активность обоих каскадов, т.н. BSW, Bmp-Sox9-Wnt модель. Эта модель несколько сложнее, чем исходная модель реакции-диффузии (состоящая из двух компонентов - активатора и ингибитора). Модель BSW неплохо моделировала формирование полос Sox9 и Bmp/Wnt при искусственном культивировании клеточной массы, однако для большего приближения к реальному процессу эмбриогенеза авторам пришлось учесть модулирующее влияние гена Hoxd13 и каскада FGF. Итоговая компьютерная симуляция воспроизводила природный процесс с большой точностью. Кроме того, моделирование искусственных воздействий на систему было подтверждено экспериментально. Так, подавление Bmp приводило к исчезновению экспресии Sox9, подавление Wnt — к ее равномерному распределению, а подавление обоих каскадов — к увеличению «длины волны», т.е размеров пальцев, в точном соответствии с моделью.

Таким образом показано, что в разметке конечности участвуют два не зависимых друг от друга процесса (см. рис.). На более ранней стадии развития каскад Shh определяет передне-заднюю полярность конечности, а затем, в соответствии с вышеописанным механизмом, происходит разделение на отдельные пальцы. Zuniga and Zeller, к тому же, предполагают, что взаимодействие этих двух процессов (Shh регулирует экспрессию Hoxd13, а тот, вместе с FGF, влияет на BSW систему) привело к уменьшению числа пальцев в ходе эволюции тетрапод до 5.

Источники:
Сама статья в Science
Raspopovic et al. Modeling digits. Digit patterning is controlled by a Bmp-Sox9-Wnt Turing network modulated by morphogen gradients. Science. 2014 Aug 1;345(6196):566-70.

Science perspective
Zuniga and Zeller.In Turing's hands--the making of digits. Science. 2014 Aug 1;345(6196):516-7.

Картинка из Science perspective: Слева — ранний зачаток почки конечности; цветом показан градиент Shh, определяющий передне-заднюю ось формирующейся конечности. Внизу — трехузловая модель реакции-диффузии Тьюринга. Справа — пространственное распределение Bmp, Wnt и Sox9 в более позднем зачатке конечности. d1-d5 – пальцы с 1го по 5й, соответственно.


Всего благодарностей: 6Поблагодарили (6): Danse, Ig, haurhot, mart61, Vadim Sharov, Tokarev


раздел новостей: Биология В ответ на терапию клетки-распространители лейкемии строят защитные ниши
02.08.2014 01:35  slavak4609 / Redactor           к началу страницы  комментарии: 171
картинка: Leukemia.pngПосле проведения химиотерапии лейкемические клетки могут формировать мелкие фокусы, окруженные защищающими их клетками. Эффективность химиотерапии повышается, если воздействовать на формирование таких ниш или на функции образующих их клеток.

Способность клеток-распространителей рака (cancer-propagating cells (CPCs)) уклоняться от действия терапии и связанные с ней рецидивы представляют собой одну из главных проблем при лечении онкологических заболеваний. Исследования этого явления концентрируются в основном на свойствах CPCs. В то же время накапливаются данные, что уклонение от терапии обусловлено главным образом субклонами CPCs, локализованными в особых нишах со специфическим микроокружением. Недавно были охарактеризованы ниши нормальных гематопоэтических стволовых клеток (hematopoietic stem cell (HSC)). Механизмы, с помощью которых эти ниши поддерживают HSC, могут быть использованы для защиты клеток-распространителей лейкемии (leukemia-propagating cells (LPCs)). Лейкемические клетки окупируют внутрикостные ниши, которые защищают их от химиотерапии. В то же время они могут разрушать окружение костного мозга и интерферировать с нормальным гематопоэзом. Данные о взаимодействии лейкемических клеток с компонентами ниши, в частности при терапии, практически отсутствуют.

Авторы изучили взаимодействие культивируемых клеток острой лимфобластоидной анемии (acute lymphoblastic leukemia (ALL)) с компонентами ниши на модельных мышах и сопоставили полученные результаты с данными анализа биопсий костного мозга пациентов. При введении культивируемых клеток ALL человека сублетально облученным мышам клетки ALL сначала образовывали микродомены и постепенно заполняли полости костного мозга разрушая васкулярное и внутрикостное микроокружение. При введении таким мышам агентов первой линии терапии ALL (цитарабина или/и даунорубицина) выжившие клетки ALL колонизовали ниши костного мозга, а также новые ниши, которые формировались только вследствие введения лейкемических клеток. Ниши, образовывавшиеся под действием терапии, формировались мезенхимальными клетками со свойствами стволовых. Лейкемические клетки секретировали цитокины (среди них CCL3), факторы роста, под действием которых происходила мобилизация и дальнейшая транзиция свойств мезенхимальных клеток. Мезенхимальные Nestin+ стволовые клетки постепенно превращались в α-SMA+.

ALL клетки из сформированных ниш обладали повышенной устойчивостью к цитарабину. Сравнительный анализ экспрессии генов показал, что в них резко (в 32 раза) усилена экспрессия GDF15. GDF15 (Growth differentiation factor 15) связан с лекарственной устойчивостью при ряде других форм раков. Введение в культивируемые ALL клетки активно экспрессирующегося GDF15 усиливало их резистентность к цитарабину. Антитела против GDF15, введенные мышам на фоне терапии цитарабином, значительно сокращали количество ALL клеток, но не влияли на формирование ниш. GDF15, продуцируемый ALL клетками, индуцирует синтез фосфорилированного Smad3, который активирует сигнальный путь TGF-β. В общем ниша предоставляет возможность ALL клеткам секретировать стрессовый белок GDF15, который активирует сигнальный путь TGF-β и придает клеткам устойчивость к химиотерапии.

Эксперименты, проведенные с культивируемыми клетками, были воспроизведены с клетками ALL, полученными из костного мозга 7 пациентов. Введение этих клеток компетентным мышам в 5 случаях вызывало лейкемию. Химиотерапия уменьшала количество лейкемических клеток, но происходило формирование ниш. Повторные трансплантации клетками из ниш вызывали лейкемии, что свидетельствует о их природе как LPCs. Результаты свидетельствуют, что формирование ниш, содержащих LPCs, представляет собой регулярный механизм патогенеза при ALL.

Из 50 ALL пациентов, исследованных для подтверждения клинической релевантности полученных данных, после лечения 30 демонстрировали полную ремиссию, 15 – частичную ремиссию, и у 5 ремиссии не наблюдалось. В костном мозге у 15 из 20 пациентов с частичной ремиссией или ее отсутствием наблюдались типичные ниши – остаточные лейкемические клетки окруженные зрелыми мезенхимальными и развитой сетью ретикулиновых нитей. В остальных 5 из 20 случаев типичных ниш еще не наблюдалось, но наблюдалось обилие ретикулиновых нитей, что означало формирование ниш. У 30 пациентов с ремиссией ниши не обнаруживались, а количество нитей было незначительным. В нишах наблюдалась высокая концентрация GDF15 и антиапоптозного белка BCL-2. Эти результаты показывают, что трудности получить в результате химиотерапии полную ремиссию связаны с образованием ниш.


Источник: Duan CW, Shi J, Chen J, Wang B, Yu YH, Qin X, Zhou XC, Cai YJ, Li ZQ, Zhang F, Yin MZ, Tao Y, Mi JQ, Li LH, Enver T, Chen GQ, Hong DL. Leukemia propagating cells rebuild an evolving niche in response to therapy. // Cancer Cell. 2014; V. 25: P. 778-793.

Подпись к рисунку: Модель формирования ниши.
SV – синусоидальные сосуды, LPCs - leukemia-propagating cells, MSCs – мезенхимальные стволовые клетки.

Всего благодарностей: 3Поблагодарили (3): Vadim Sharov, Дмитрий Олегович, Danse


раздел новостей: Биология Новый метод картирования контактных интерфейсов при белок-белковых взаимодействиях
12.08.2014 14:23  Serpent / Redactor           к началу страницы  комментарии: 18
картинка: ncomms5413_f1.pngИзучение белок-белковых взаимодействий лежит в основе расшифровки практически любого клеточного процесса. Важность картирования взаимодействий также определяется их ролью в качестве мишени для разнообразных лекарственных препаратов. На сегодняшний день разработано множество методов для установления самого факта взаимодействия, однако определение зоны непосредственного контакта между двумя или более взаимодействующими белковыми молекулами все еще представляет значительную сложность. Хотя такие зоны обычно представлены достаточно консервативными аминокислотными остатками, расположение интерфейса взаимодействия внутри белкового комплекса сильно затрудняет их идентификацию.

Авторы работы, недавно опубликованной в Nature Communications, предложили новый эффективный метод идентификации зон молекулярного контакта, основанный на использовании распространенных низкомолекулярных красителей (органических пигментов). Принцип метода довольно прост – добавляемое в раствор взаимодействующих белков вещество связывается со всей поверхностью белковых молекул, исключая зону непосредственного межмолекулярного взаимодействия. В результате на поверхности белка образуется защитная пленка красителя. Затем исследуемые белки подвергают трипсинолизу. При этом связавшийся краситель блокирует сайты связывания трипсина и препятствует расщеплению той части белка, которая непосредственно не участвует во взаимодействии. Триптические пептиды, соответствующие зоне межмолекулярного контакта, затем идентифицируются с помощью масс-спектрометрии.

Авторы исследования продемонстрировали работоспособность предложенного метода на примере тройного взаимодействия интерлейкина IL1β, его рецептора IL1RI и вспомогательного белка IL1RAcP. Полученные в эксперименте данные были затем использованы для создания пептидов и моноклональных антител, специфически блокирующих рассматриваемые белок-белковые взаимодействия и соответствующий интерлейкин-опосредованный сигнальный каскад. Авторы считают, что предлагаемый метод идентификации зон взаимодействия достаточно универсален и может быть использован для разработки терапевтических средств, основанных на специфической блокаде белок-белковых взаимодействий. Следует отметить, что метод потенциально может быть модифицирован для изучения взаимодействий белковых молекул с небелковыми веществами, например, с нуклеиновыми кислотами и низкомолекулярными соединениями.


Источник: Luchini A, Espina V, Liotta LA. Protein painting reveals solvent-excluded drug targets hidden within native protein-protein interfaces. Nat Commun. 2014. 5:4413.

Статья в свободном доступе.

Ссылка на патентную заявку с описанием использовавшихся красителей: http://www.google.com/patents/WO2014113433A1?cl=en

Подпись к рисунку из обсуждаемой статьи: Принцип предлагаемого метода.
(a) Молекулы красителя связываются с поверхностью белкового комплекса, но не могут попасть в недоступную для растворителя зону межмолекулярного контакта. Приведено изображение лиганд-рецепторного комплекса интерлейкина 1b со связавшимся красителем в соответствии с масштабом.
(b) Молекулы красителя, нековалентно связавшиеся рядом с консенсусными сайтами узнавания трипсина, блокируют трипсинолиз. После диссоциации окрашенных белков зона взаимодействия остается неокрашенной и подвержена трипсинолизу. Таким образом, триптические петиды будут происходить исключительно из неокрашенной зоны взаимодействия.



Всего благодарностей: 9Поблагодарили (9): Vadim Sharov, xenopus, Miss Marple, Danse, Kase, Kostia, criplenie, epsylonit, Replikant


раздел новостей: Биология Миелодиспластические синдромы обусловлены редкими специфическими раковыми стволовыми клетками
16.07.2014 18:14  slavak4609 / Redactor           к началу страницы  комментарии: 93
картинка: MDS.pngИсследованы молекулярная и функциональная организация в иерархии стволовых клеток и их потомков при миелодиспластическом синдроме. Показано, что источником пораженных клеток являются редкие предшественники с уникальным фенотипом. Возможно наиболее эффективная терапия будет связана с элиминацией таких предшественников.

Концепция раковых стволовых клеток (РСК) до сих пор не является бесспорной. Тем не менее, получены убедительные доказательства существования РСК при многих гематологических и сОлидных раках. Миелодиспластические синдромы (МДС) представляют собой нарушения созревания клеток крови, приводящие к несовершенному гематопоэзу часто прогрессирующему в острую миелоидную лейкемию. Для предотвращения этого заболевания требуется разработать средства, элиминирующие клоны, инициирующие МДС. Недавно показано, что МДС с делецией участка хромосомы 5q происходит от редких CD34+CD38- гематопоэтических стволовых клеток. Но не было показано, что они являются единственным предшественником МДС.

Авторы проследили наследование молекулярных и белковых маркеров от стволовых клеток к дифференцированным элементам крови (гранулоцитам-макрофагам, мегакариоцитам-предшественникам эритроидных клеток) при МДС. Показано, что способность поддерживать МДС-специфические клетки-потомки свойственна исключительно стволовым клеткам с фенотипом Lin-CD34+CD38-CD90+CD45RA-. При трансплантации мышам только эти клетки, но не их потомки производили весь спектр клеток, свойственных МДС.

С помощью секвенирования экзонов авторы проследили “обратный путь” накопления мутаций в элементах крови по мере развития МДС и трансформации его в острую миелоидную лейкемию у нескольких пациентов. Во всех случаях этот путь вел к единой стволовой клетке- предшественнику.

Полученные результаты позволяют полагать, что наиболее эффективная терапия МДС, который в настоящее время лечится плохо, может быть направлена против редких клеток с фенотипом Lin-CD34+CD38-CD90+CD45RA-. При других раках стволовые клетки могут быть не столь редкими. Но функциональная и молекулярная уникальность их может иметь важнейшее значение для реализации продолжающихся попыток идентифицировать их in vivo и использовать для мониторинга заболевания и как мишени для терапии. Элиминация стволовых раковых клеток представляется необходимой, а в принципе, возможно и достаточной для успешной терапии рака.


Источник: Woll PS et al. Myelodysplastic syndromes are propagated by rare and distinct human cancer stem cells in vivo. // Cancer Cell. 2014; V. 25: P. 794-808.

Подпись к рисунку: Пораженные клетки при миелодиспластическом синдроме происходят от единого предшественника.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): Danse, Vadim Sharov

страницы (63):  1 2 3 4 > » 
 
Колонка новостей, спонсор — "Диаэм"
компания 'Диаэм' — cпонсор колонки новостей
поиск по каталогу Диаэм
 

  






Каталоги


Объявления





···
···

molbiol.ru для



···
 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  · Doctor Plastic: увеличение груди - в центре Москвы  · 
···






···
 ·  отличный выбор ванны чугунные с доставкой  ·  подмосковн­­ое уполномоче­­нное туристичес­­кое агентство Coral Travel · 
···

 
 
molbiol.ru  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама

molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов     Rambler