В связи с тем, что я последний модератор раздела, а Редактора нет, после голосования http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=579121 считаю целесообразным
1. Окончательно закрыть раздел.
2. Объявления и активные обсуждения перенесу по своему разумению в "Беседу" или в http://molbiol.ru/forums/index.php?showforum=57

Появится редактор, назначит новых модераторов, может раздел и возродится.

Прощайте.

В 2017 году Пущинский государственный естественно-научный институт объявляет приём на обучение за счёт будущего работодателя (на Факультет нанобезопасности и Факультет молекулярной и клеточной биотехнологии).

При обучении за счёт работодателя студенты, показавшие наилучшие результаты, будут приглашены на работу в компанию "Биокад" и Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора.

Прием документов в магистратуру с 1 по 25 августа.

Вступительные испытания проводятся с 28 по 30 августа.

Форма обучения – очная.

Страница для онлайн-регистрации http://www.pushgu.ru/reg_magistr.html

Хотите на "Биокад" отметьте центр "Молекулярной и клеточной биотехнологии"

Торопитесь. КОЛИЧЕСТВО МЕСТ ОГРАНИЧЕНО!!!

АДРЕС ПУЩИНСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО ЕСТЕСТВЕННО-НАУЧНОГО ИНСТИТУТА
142290, г. Пущино Московской области, проспект Науки, дом 3
Телефон приёмной комиссии +7 (4967) 73-24-58
Факс: +7 (4967) 73-27-11
E-mail: uu-pushgeni<at>yandex.ru

В Минобрнауки готовится проект приказа «Об утверждении Номенклатуры
научных специальностей, по которым присуждаются ученые степени».
Туда собираются вносить теологию как "научную" специальность.
Похоже, до сих пор этот вопрос не был окончательно оформлен,
а теперь, по имеющимся сведениям в ближайшую среду, будет оформлен.
Сейчас проходит т.н. "общественное обсуждение".
Оно продлится еще 2-3 дня.
Любой гражданин может перейти на сайт
http://regulation.gov.ru/Projects/List#npa=66416
там выбрать раздел "Ваши предложения" и затем:
1) сначала зарегистрироваться (указать свой электронный адрес)
2) написать свои предложения или прикрепить файл. (не обязательно)

На данный момент 13 - за, 84 - против

---

Поблагодарили (2): Bear, Horse-radish

Банда официальных ученых возвращается в Москву. Темные силы мракобесия несут потери. Лжеученые отступают, роняя торсионные поля и обереги. Но враг всё еще силен! В своих секретных лабораториях они продолжают пилить гранитные блоки с помощью воображаемых лазеров, ищут на картах следы древних ядерных ударов, шлют телепатические сигналы марсианским цивилизациям – а после с помощью гомеопатии очищают свои организмы от шлаков. Вы готовы к новой серии разоблачений?

http://antropogenez.ru/scientists-against-myths/

---

Поблагодарили (4): vb, LMP, epsylonit, Bern5

Life Code 2017 - это мероприятие, на котором участники собираются в команды и несколько дней работают, решая интересные задачи. В конце каждая команда делает короткую презентацию о результатах своего труда, эксперты оценивают проекты и выбирают победителей.

Где проводится?
Новосибирский государственный университет — это один из лучших университетов России, стабильно укрепляющий свои позиции в международных рейтингах.

Кто может участвовать?
- Программисты на любых языках и платформах.
- Биологи любых специальностей, не только биоинформатики.
- Если вы не программист и не биолог, а, например, дизайнер или экономист, но интересуетесь биологий, пишите, возможно, для вас тоже найдется подходящая задача.
- Можно приходить со своей командой, а можно и одному — в начале хакатона будет распределение по командам.

Как принять участие?
Зарегистрироваться на сайте: Life Code 2017http://lifecode.site/

29 апреля - 1 мая. г. Новосибирск. Подробности на сайте http://lifecode.site/http://lifecode.site/

научных сотрудников, сотрудников лабораторий и биомедицинских организаций, аспирантов и соискателей ученых степеней пройти обучение по дополнительной профессиональной образовательной программе повышения квалификации:

Курс предназначен для всех слушателей, имеющих высшее образование. Курс реализуется на базе ресурсного центра «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ. Занятия (лекции и лабораторные работы) проходят на Петергофской площадке ресурсного центра по адресу: Россия, 198504, Санкт-Петербург, Петергоф, Ботаническая ул. дом 17, «Молекулярный корпус».

Руководитель курса: к.б.н. Богомаз Денис Игоревич, зам. директора Ресурсного центра «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ; e-mail: denis.bogomaz@spbu.ru; телефон: (812) 328 96 96.

Длительность обучения: 5 рабочих дней (72 академических часа, из них 34 часа контактной работы): с 14 по 18 ноября 2016г. Стоимость обучения: 19500 руб. Регистрация на курс на сайте Научного парка СПбГУ: http://researchpark.spbu.ru/bio-dopobr-rus до 20 октября 2016г.

Уважаемые коллеги!

Cегодня мы объявляем о начале приема заявок на участие в практикуме по научной проточной цитометрии и сортировке клеток.

Впервые практикум пройдет в Казани с 28 по 30 сентября 2016 года на базе ЦНИЛ Казанского государственного медицинского университета. Практическая работа будет выполнена на двух проточных цитофлуориметрах CytoFLEX (3 лазера, 13 цветов).

Опыт практикумов показывает, что выбранны нами формат, когда каждый день мы рассказываем о двух востребованных приложениях метода, после чего проводим практику на приборах, является оптимальным. Практикум, действительно, позволяет каждому участнику провести самостоятельно пробоподготовку, настроить протоколы, собрать и проанализировать данные, и увезти с собой рабочие методики и протоколы, личный опыт и контакты коллег, которые смогут помочь в будущем.

Подробности, программа мероприятия и запись на практикум на нашем микросайте:
discover.beckman.com.ru/Kazan2016

САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ

с 14 по 18 марта 2016 года, и
с 21 по 25 марта 2016 года

ПРИГЛАШАЕТ

научных сотрудников, сотрудников лабораторий и биомедицинских организаций, аспирантов и соискателей ученых степеней и всех желающих (при наличии базовой квалификации) пройти обучение по дополнительной профессиональной образовательной программе повышения квалификации:

«Методы генной инженерии. Базовый практический курс»

Целью курса является теоретическое и практическое ознакомление слушателей с базовыми методами генной инженерии.
Курс реализуется на базе ресурсного центра «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ. Занятия (лекции и лабораторные работы) проходят на Петергофской площадке ресурсного центра по адресу: Россия, 198504, Санкт-Петербург, Петергоф, Ботаническая ул. дом 17, «Молекулярный корпус».
Длительность обучения – 1 неделя (72 академических часа из них 34 часа контактной работы). По мере набора слушателей будут сформированы 2 группы:
1 группа: обучение с 14 по 18 марта 2016г.;
2 группа: обучение с 21 по 25 марта 2016г.
Слушателям, успешно прошедшим итоговую аттестацию, выдается Удостоверение о повышении квалификации установленного образца СПбГУ (государственного образца) в объеме 72 часов.
Программу курса, а также перечень документов для зачисления на курс Вы можете скачать у нас на сайте: http://biomed.spbu.ru/training/course-dop/.
Дополнительную информацию можно узнать на сайте http://biomed.spbu.ru/training/course-dop/, а также у сотрудников ресурсного центра «Развитие молекулярных и клеточных технологий» Научного парка СПбГУ по тел. (812) 328 96 96 или по электронной почте tatiana.chudinova@spbu.ru.

Уважаемые коллеги!

В Санкт-Петербургском государственном университете открыт набор слушателей на обучение по дополнительной образовательной программе "Методы генной инженерии. Базовый практический курс" (регистрационный номер учебного плана 15/0309/1), которое состоится с 23 по 27 ноября 2015г.

Целью курса является теоретическое и практическое ознакомление широкого круга слушателей с базовыми методами генной инженерии. Задачи курса:
(1) сформировать у слушателей представление о предмете и методах генной инженерии;
(2) расширить представление о круге фундаментальных и прикладных задач, решаемых с привлечением генно-инженерных методов;
(3) сформировать навыки планирования молекулярно-генетических исследований; (4) сформировать у слушателей практические навыки по проведению генно-инженерных экспериментов и умение интерпретировать получаемые результаты.
Подробности:
http://biomed.spbu.ru/
Кроме контактов, указанных на сайте, по всем вопросам можете писать на адрес: bogomazden@mail.ru
дополнительный телефон +7 904 6367716, Богомаз Денис Игоревич.

Весной 2015 года аспирантка профессора Филиппа Хайтовича из ЦНИО Системной биомедицины и биотехнологии Сколтеха Вита Степанова и выпускник факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ Юрий Пеков запустили сайт “Бластим” (www.blastim.ru) – первую в России онлайн-платформу для поиска работы в сфере биотехнологий и биоинформатики.

Помимо информации о доступных вакансиях, в специальном разделе сайта размещена актуальная информация о готовящихся курсах, семинарах и конференциях, посвященных биоинформатике, а также о том, где в России можно получить образование в этой научной области.

Вита Степанова – аспирантка ЦНИО Системной биомедицины и биотехнологии Сколтеха: «Мы создали эту платформу для того, чтобы студенты, аспиранты и специалисты в области биотехнологий и биоинформатики смогли увидеть весь широкий спектр возможностей для получения образования и построения успешной карьеры в данной сфере. Привлечение внимания к ресурсу должно помочь в формировании профессионального сообщества, а также создании сетевого взаимодействия между академией и индустрией».

Сколтех и, в частности, ЦНИО Системной биомедицины и биотехнологии Сколтеха является партнером онлайн-платформы «Бластим», поддерживает развитие ресурса и планирует проведение совместных мероприятий.

Константин Северинов – профессор, директор ЦНИО Системной биомедицины и биотехнологии Сколтеха: «Помощь людям с поиском работы на рынке труда в биоинформатике, информация об образовательных возможностях и параллельное продвижение Сколтеха – это хорошая идея, на мой взгляд. Замечательно, что этот проект инициирован нашей аспиранткой без привлечения официальных структур Сколтеха. Я надеюсь, что в будущем большинство наших студентов будут не только заниматься научной деятельностью на высоком уровне, но и участвовать в проектах, которые улучшат бытие науки в России. ЦНИО Системной биомедицины и биотехнологии занимается решением биомедицинских проблем, требующих переработки большого количества данных, т.е., биоинформатикой. Как и любая настоящая наука, бионфрматика является конкурентной международной областью, поэтому этот сайт имеет все шансы стать международным ресурсом, если только его основатели сделают английскую версию».

Просим Вас принять участие в исследовании общественного мнения.
Исследование проводится Центром независимой общественной экспертизы «АКСИО».
Цель работы – изучение мнений жителей России о качестве образования – среднего и высшего – и о желательных направлениях его развития.

• Результаты опроса обрабатываются математическими методами;
• Анализируются только усреднённые данные;
• Индивидуальные результаты не интерпретируются и не разглашаются;
• Если у Вас возникнут вопросы, обращайтесь к интервьюеру, проводящему опрос, или в Ценр «АКСИО» по тел: 8(800) 100-97-24 (звонок бесплатный).

axio2015edu.pdf размер: 115.18к кол-во скачиваний: 1061 24.06.2015 — 24.12.2015

Skoltech invites MSc students to apply for program in Biomedical Science and Technology

Skoltech M.Sc. fellowship program in Biomedical Science and Technology begins August 2015. Applications are due on or before June 1, 2015 (international students) or June 15, 2015 (Russian citizens).

We are looking for up to 15 highly motivated individuals who have obtained a BSc by the time of enrolment. Our broad English-language curriculum includes lectures and seminars in the life sciences and extensive hands-on training in brand new molecular biology and bioinformatics teaching laboratories.
In the first year we offer a curriculum of advanced lecture courses and seminars while students identify their research topics. During the second year of the program, students complete individual research projects leading to a master thesis under the supervision of Skoltech faculty from the Skoltech Center of Research, Education and Innovation in Data-Intensive Biomedicine and Biotechnology.

Graduates of the program will obtain a unique skill set that will enable them to excel in research and innovation in academia or industry. Exceptional students have the opportunity to enter the Skoltech Ph.D. program. Visit our website for more information - http://www.skoltech.ru/en/admissions/msc-p...and-technology/

Learn how to apply - https://youtu.be/jo2WP3nFfGs
Apply here - http://apply.skoltech.ru/

Учебный центр молекулярной биологии Института белка РАН проводят очередной
конкурсный набор студентов-старшекурсников для обучения и специализации по молекулярной биологии.
Прошедшие конкурс студенты будут прикомандированы к Учебному центру для
специализации по молекулярной биологии с продолжением обучения в своем основном вузе по индивидуальному учебному плану. Оканчивающие в 2015 году обучение в бакалавриате будут рекомендованы к поступлению в магистратуру биотехнологического факультета МГУ с выполнением магистерской диссертации в Институте белка РАН.
Проходя специализацию и выполняя квалификационные работы в лабораториях Института белка РАН, студенты приобретут знания и практические навыки по исследованию биосинтеза белка, генетической и белковой инженерии, физическим и химическим методам, используемым в молекулярной биологии.
Предварительный отбор участников конкурса будет проведен заочно на основании данных, содержащихся в заявке. Отобранные участники будут приглашены на очный конкурс, который будет проводиться c 29 июня по 10 июля 2015 года в городе Пущино. Конкурс проходит в два тура:
первый – в форме собеседования по общему курсу молекулярной биологии (базовый учебник – Дж. Уотсон: "Молекулярная биология гена"), а второй – в форме учебно- практических занятий по некоторым современным методам молекулярной биологии. По результатам конкурса будет сформирован окончательный состав студентов Учебного центра. Принятые в Учебный центр студенты обеспечиваются общежитием и получают доплату к стипендии за участие в выполнении исследовательских проектов в лабораториях Института белка РАН.
Дополнительно - проспект от одного из коллективов Института.

В связи с большим количеством запросов об участии в школе, прием заявок в электронном виде продлевается до 18 мая включительно.

О Российской науке и диаспоре
статья в Натуре

http://snob.ru/selected/entry/85434

Nature: Путинская Россия разделила и поссорила ученых
В журнале Nature опубликована статья Квирина Ширмайера о прошедшей 5-6 декабря в Санкт-Петербурге Конференции научной диаспоры «Точки роста российской науки». Предлагаем читателям перевод фрагментов из этой статьи
............................
Атмосфера на конференции начала сгущаться задолго до того, как на экране появился слайд с портретом Иосифа Сталина. Но когда Андрей Старинец, физик-теоретик из Оксфорда, использовал образ бывшего диктатора для подкрепления своего призыва вернуть России ведущую роль в мировой науке — а также сплотить ряды ученых-эмигрантов в «эти турбулентные политические времена» — произошел взрыв. «Я не собираюсь больше это терпеть!» — кричал Алексей Кондрашов, генетик, работающий в Университете Мичигана. Кипя от ярости, он протолкался к выходу их зала и захлопнул за собой дверь.

На фоне российской аннексии Крыма в начале этого года и оголтелого сепаратизма, угрожающего разорвать Украину, апелляция Андрея Старинца к Сталину действительно выглядела как провокация. Но горячие споры нередко вспыхивали на встрече в Европейском Университете Санкт-Петербурга и по другим поводам. Конференция, собравшая около сотни русских ученых-экспатов и их российских коллег, выявила глубокие противоречия. (...)

«Любая дискуссия о будущем российской науки в значительной мере бессмысленна, когда страна быкует», — заявил Кондрашов после ухода с конференции. — Я люблю Россию, но перспективы здешней науки безрадостны, и меня очень беспокоит, в каком направлении движется страна».

Одной из задач встречи было обсуждения путей восстановления российской науки. Советский Союз был научным гигантом, но российская наука доныне пытается оправиться после ее практического разрушения в 1990-х. По эффективности она все больше отстает от таких конкурентов, как Китай. Хотя Россия сохранила потенциал в математике и некоторых областях физики, она уже не может догнать остальные страны-лидеры в биологических науках. (...)

Другая цель конференции — предложить способы остановить катастрофическую «утечку мозгов» из России. «Студенты и интеллектуалы бегут из страны», — заявил Михаил Гельфанд, замдиректора Института проблем передачи информации РАН. (...) Потеря научных кадров — не новая проблема для страны: согласно оценкам, за последние четверть века 30 000 ученых эмигрировали на Запад и только несколько сотен вернулись. Но многие полагают, что нынешняя позиция правительства усугубляет ситуацию. Хотя эта миграция имела и позитивные последствия для России — главным образом укрепление связей между российскими и зарубежными лабораториями — по некоторым признакам эти связи оказываются сейчас под угрозой. «Большинство из нас росли, учились и начинали свои научные карьеры в России, а затем воспользовались поддержкой и политической стабильностью на Западе, — сказал Валерий Якубович, социолог и участник бизнес-школы ESSEC в Сержи-Понтуаз, Франция. — В эти турбулентные времена сохранять связи становится все труднее, но это еще более важно».

(...) В 2010 году российское правительство запустило программу «мегагрантов» объемом 12 млрд рублей (в то время $428 млн) чтобы привлечь ученых из-за рубежа к исследованиям в российских научных центрах. Но «Зачем кому-то, кто имеет достойную жизнь за рубежом, взбредет в голову заниматься наукой в России в тот момент, когда все в этой стране пропитано ложью и запугиванием?» — спрашивает Максим Франк-Каменецкий, биоинженер из Бостонского Университета. Он опасается, что Россия вновь, как в советские времена, скатывается в научную изоляцию.

Некоторые считают, что единственный способ остановить утечку мозгов — это изменить ситуацию изнутри. Михаил Гельфанд ранее участвовал в протестных акциях молодых ученых Академии Наук. Он призвал коллег иметь «моральное мужество» самим создать политическую среду, в которой может существовать наука. «При нашей более твердой гражданской позиции многие скверные вещи в стране просто не произошли бы», — сказал он участникам конференции. (...)

И как минимум один эмигрант рассматривает политическую ситуацию в России как причину вернуться. Артем Оганов, химик и разработчик материалов, бывший сотрудник Университета Штата Нью-Йорк в Стоуни-Брук, в этом месяце переехал в Москву. Он пришел на постоянную должность в Сколковском Институте Науки и Технологий, основанном в 2011 году совместно с Массачусетским Институтом Технологий (MIT) в Кембридже. Оганов надеется помочь России восстановить ее научный потенциал. «Я не изгнанник, никто меня не обижал и я живу в мире с моей страной, — сказал он. — Меня действительно беспокоят санкции и растущие экономические проблемы в стране, но я никогда не смогу себя простить, если понадоблюсь России, а меня не окажется рядом».

Редакция приносит свои извинения всем ученым, упомянутым в тексте, за неизбежное при двойном переводе искажение их реплик.

---

Поблагодарили (20): molecbiolog, Дядя ФАКСер, Horse-radish, DK., Ig, Nik-AD, campus, Chernik, xenopus, Kase, -bI, ruslan.salamatin, Elena 2012, haurhot, Milyausha, А, borrelia, klav, interactome, Sergeybond

Дорогие коллеги,

29 января (в четверг) в 15:30 в ауд. 01 Главного здания МГУ состоится встреча научной общественности с главой Российского научного фонда (РНФ) Александром Витальевичем Хлуновым. Встреча организована Советом молодых учёных МГУ. Глава фонда поделится своими впечатлениями от первого года работы фонда, расскажет о грантовых программах, которые будут проводиться в 2015 году, и ответит на ваши вопросы.

Вход на мероприятие свободный, приглашаются все желающие. Для лиц, не являющихся сотрудниками МГУ, организован сбор заявок для оформления пропусков в Главное здание МГУ (адрес веб-сайта с формой для регистрации: http://smu.msu.ru/rscf.html). Информационная поддержка в соцсетях: https://www.facebook.com/events/1600338670196075 и http://vk.com/event85612045.

Пожалуйста, приходите и приводите своих коллег!

---

Поблагодарили (1): klav

Skoltech invites MSc students to apply for program in Biomedical Science and Technology
Skoltech M.Sc. fellowship program in Biomedical Science and Technology begins August 2015.

We are looking for up to 15 highly motivated individuals who will have obtained a BSc by the time of enrolment. Our broad English-language curriculum includes lectures and seminars in the life sciences and extensive hands-on training in brand new molecular biology and bioinformatics teaching laboratories.
In the first year we offer courses and seminars while students identify their research topics. During the second year of the program, students complete individual research projects leading to a master thesis under the supervision of Skoltech faculty in our Centers of Research, Education, and Innovation, including the Skoltech Center for Infectious Diseases and Functional Genomics, and the Skoltech Systems Biology Center.

Graduates of the program will obtain a unique skill set that will enable them to excel in research and innovation in academia or industry. Exceptional students have the opportunity to enter the Skoltech Ph.D. program.

APPLY HERE - http://apply.skoltech.ru/

Объявлен конкурс для назначения стипендий Президента Российской Федерации для обучающихся за рубежом за счет бюджета

Минобрнауки России объявляет о начале всероссийского открытого конкурса для назначения стипендий Президента Российской Федерации для обучающихся за рубежом претендентов из числа студентов и аспирантов организаций, осуществляющих образовательную деятельность, обучающихся по образовательным программам высшего образования по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, на 2015/16 учебный год.

Объем бюджетных ассигнований, предусмотренный в федеральном бюджете на одну стипендию, составляет 24,0 тысячи долларов США (эквивалент требуемой валюты). Стипендия включает расходы стипендиата Президента Российской Федерации на обучение, оформление визы, проезд до места обучения и обратно, проживание, медицинскую страховку, оплату местного транспорта.

Рекомендуемый срок обучения – не более одного учебного года. Срок пребывания стипендиата Президента Российской Федерации за рубежом может быть сокращен, но не менее чем до одного семестра.

После завершения обучения стипендиаты Президента Российской Федерации обязаны в течение месяца представить в Департамент государственной политики в сфере высшего образования Минобрнауки России отчет о достигнутых результатах, утвержденный руководителем направляющей организации, а также отчет принимающей организации о расходовании выделенных средств на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык.

На конкурс участники представляют следующие документы:

письмо-рекомендацию от направляющей организации, содержащее краткую характеристику научной или творческой деятельности претендента;
представление ученого совета направляющей организации, согласованное с федеральным государственным органом по подчиненности;
обоснование обучения за рубежом с указанием направления (темы) обучения, иностранного государства и принимающей организации;
заявление претендента на участие в конкурсе, согласованное руководителем направляющей организации, либо лицом, его заменяющим с обязательным приложением локального акта организации, подтверждающего полномочия замещения руководителя (Приложение № 1 к настоящему Объявлению);
рекомендации российских (не менее двух) и зарубежных (при наличии) ученых;
сведения о претенденте (приложение № 2 к Объявлению);
фотографии размером 3х4 (2 шт.);
сведения об успеваемости:
студентам – выписку из зачетной ведомости за весь период обучения;
аспирантам – справку о результатах кандидатских экзаменов;
справку кафедры иностранных языков направляющей организации о степени владения претендентом иностранным языком;
медицинскую справку о состоянии здоровья претендента, подтверждающую возможность обучения за рубежом, подписанную руководителем медицинского учреждения и заверенную печатью медицинского учреждения, выдавшего справку;
согласие принимающей организации о приеме на обучение стипендиата Президента Российской Федерации с указанием предполагаемой даты начала и срока обучения (на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык);
банковские реквизиты принимающей организации для перевода денежных средств, с указанием полного наименования и почтового адреса банка на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык (приложение № 3 к Объявлению) (на иностранном языке принимающей организации, а также его перевод на русский язык);
смету расходов на пребывание стипендиата Президента Российской Федерации за рубежом от принимающей организации (на иностранном языке, а также его перевод на русский язык) (приложение № 4 к Объявлению);
список публикаций.

Требования к оформлению документов указаны в Объявлении, утвержденном заместителем министра образования и науки Российской Федерации Александром Климовым.

Контактное лицо в Департаменте государственной политики в сфере высшего образования Минобрнауки России – Елена Аузбиевна Белкина, телефон: + 7 (495) 530 68 17, e-mail: /belkina-ea@mon.gov.ru/

Контактное лицо по вопросам формирования электронной конкурсной заявки и заполнения форм на сайте www.gzgu.ru – Наталья Валерьевна Симанчук, телефон: +7 (499) 269 56 33, доб. 2225, e-mail: /vpo-kcp@yandex.ru/

---

Поблагодарили (1): crot

24 ноября в Москве пройдет вручение национальных стипендий «Для женщин в науке». Проект «Для женщин в науке» осуществляется в России с 2007 года и с тех пор стипендии получили 65 учёных. По условиям конкурса соискательницами стипендии могут стать женщины-ученые, кандидаты наук в возрасте до 35 лет, работающие в российских научных институтах и вузах по следующим дисциплинам: физика, химия, медицина и биология. Критериями выбора стипендиаток являются научная значимость кандидата, практическая польза и осуществимость предложенного на рассмотрение жюри проекта, а также желание кандидата продолжать научную карьеру в России.

Стипендиаты программы российского конкурса «Для женщин в науке» L’ORÉAL-UNESCO в 2014 году уже объявлены. Ими стали:

Ачарова Ирина, г. Ростов-на-Дону, Южный федеральный университет, физический факультет.
Вологжанина Анна, г. Москва, Институт элементоорганических соединений им. А.Н. Несмеянова Российской академии наук (ИНЭОС РАН).
Диденкулова Ирина, г. Нижний Новгород, Нижегородский государственный технический университет им. Р.Е. Алексеева, (НГТУ).
Игнатьева Дарья, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, химический факультет.
Иевлева Аглая, г. Санкт–Петербург, НИИ онкологии имени Н.Н. Петрова Минздрава России.
Логачева Мария, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, биологический факультет.
Остроумова Ольга, г. Санкт–Петербург, Институт цитологии Российской Академии наук (ИНЦ РАН).
Плетнева Надежда, г. Москва, Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук (ИБХ РАН).
Супрун Елена, г. Москва, Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича Российской академии медицинских наук (ИБМХ РАМН).
Хренова Мария, г. Москва, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, химический факультет.

Международная премия «For Women in Science» (Для женщин в науке), учреждена в 1998 году ЮНЕСКО и компанией L'Oréal. За 16 лет существования программы 82 лауреата были награждены премией L'ORÉAL–UNESCO за важные научные открытия, а двое из них впоследствии получили Нобелевскую премию. Кроме международной программы, учреждены программы присуждения национальных стипендий. Они запущены почти в 50 странах, в том числе в России.
http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId...64#.VG59dcm0SEo

---

Поблагодарили (12): LMP, NCP-bio, xenopus, Maxim, NMR-guy, klav, genseq, Olezhek, dm1, molecbiolog, АНК, Milyausha

Использование протеомного подхода для идентификации и клонирования моноклональных антител из сыворотки крови лабораторных животных

NG-XMT™ (Next Generation eXeptional Monoclonal Technology) -- подход, разработанный компанией Cell Signaling Tecnology (CST), который позволяет определять аминокислотную последовательность антиген-специфической области антител, полученных из сыворотки крови иммунизированных животных.


Антитела из сыворотки крови иммунизированного животного (кролика или мыши) афинно очищаются на белке A или G, а затем фракционируются на колонке с иммобилизованным исследуемым антигеном. Полученные фракции поликлональных антител проверяются на функциональность с помощью ИФА. Фракции антител обрабатываются различными пептидазами, и полученные протеолитические пептиды анализируются с помощью LC-MS/MS.

Для создания библиотеки нуклеотидных последовательностей, кодирующих высоко вариабельные участки тяжелых и легких цепей антител, из В-лимфоцитов выделяется тотальная мРНК, на её основе создается библиотека кДНК и секвенируется.

Специальное программное обеспечение позволяет сопоставить результаты анализа двух библиотек и определить аминокислотные последовательности вариабельных участков тяжелой и легкой цепи антител. Все возможные комбинации пар тяжелой и легкой цепи клонируются в составе специальных экспрессионных векторов для получения рекомбинантных моноклональных антител. На последнем этапе сравнивается специфичность и чувствительность рекомбинантных антител и исходных поликлоналных антител. Полученные таким образом антитела демонстрируют наилучшую специфичность и чувствительность при вестерн-блоттинге, иммуногистохимии, проточной цитометрии и иммунофлуорисцентном анализе.

Технология NG-XMT™ позволяет по-новому взглянуть на вопросы иммунологии и терапии. Этот подход позволяет проникнуть в такие вопросы иммунологии, как разнообразие антител в крови, их клональность, динамику и кинетику их образования В-клетками в ответ на появление антигена. Кроме того, эта технология может использоваться для поиска новых вакцин и применяться для мониторинга пула собственных антител человека в ответ на его иммунизацию, заражение инфекцией или в процессе развития заболевания.

Рисунок: технология, разработанная компанией Cell Signaling .

Источник: Cheung W.C. et al. A proteomics approach for the identification and cloning of monoclonal antibodies from serum Nat Biotechnol. 2012 Mar 25;30(5):447-52

Акрус
119991, г.Москва, Ленинский пр-т, д.47
Тел.: +7(499)135-88-02, 135-88-18, +7(495)913 3950
Факс: +7(495)956-27-01
E-mail: info@acrus.ru
http://acrus.ru/

---

Поблагодарили (1): NMR-guy

xGen Lockdown зонды и панели от IDT сфокусируют ваши исследования в области секвенирования следующего поколения (NGS)


Несмотря на то, что удешевление стоимости секвенирования ДНК позволило проводить масштабные исследования (1), непомерно высокая стоимость обработки образцов до сих пор является проблемой практически для всех пользователей. Это заставляет все большее количество лабораторий проводить секвенирование только той части генома, которая представляет интерес. Целевое обогащение при помощи гибридного захватывания, которое рассматривается в данном обзоре, реализуется непосредственно перед проведением секвенирования, схема такого обогащения представлена на рис.1. Методы обогащения генома уменьшают стоимость секвенирования и позволяют сфокусировать свои усилия на конкретном участке гена.

Если мы выделим специфический регионе генома, это позволяет секвенировать один участок во множестве образцов одновременно. Благодаря гибридному захватыванию интересующих участков генома и последующему секвенированию возможно проводить эксперименты по генотипированию, идентификацию вариантов сплайсинга, нахождение мест вставки новых или делеции существовавших нуклеотидов, а также изучение геномной рекомбинации и секвенирование сайтов интеграции вирусов и транспозонов.


Рис.1. Целевое захватывание последовательности с помощью xGen Lockdown зондов.


Проведение анализа большого количества целевых участков генома во множестве образцов.

Давайте рассмотрим эксперимент по генотипированию 100 образцов, реализованный при помощи ПЦР, он потребует проведения множества индивидуальных ПЦР-реакций, каждую из которых необходимо будет оптимизировать. Оптимизация и проведение этих реакций потребует большого количества времени и возможность появления ошибок возрастет, из-за того что качество будет зависеть от большого количества индивидуальных реакций. Более того, потребуется большое количестве первоначального материала. В конце концов, генотипирование при помощи ПЦР может не завершиться успешно, если мутации возникают в праймерах. Обычно последовательность праймеров оптимизируется с использованием нескольких образцов, и далее полученные таким путем праймеры используются для амплификации большой совокупности образцов. Такая практика основана на предположении о том, что участки, на которые будут садиться праймеры не претерпевают изменений в составе всей совокупности образцов. Это может оказаться правдой для небольшой серии образцов, но если число реакций увеличивается, то увеличивается и вероятность деформации последовательности сдвигом (рис.2А).

В качестве альтернативы ПЦР, секвенирование NGS после целевого обогащения объединяет все реакции генотипирования и обнаружение мутации в один этап, схема расположения зонда показана на рис.2. При гибридном захватывании последовательности с одиночным нуклеотидным полиморфизмом (SNP) используется зонд, направленный на узнавание последовательности вокруг SNP, и мутация гибридизующейся последовательности, несмотря на неполную комплементарность с зондом не окажет критического воздействия на процесс узнавания. Фактически, зонды xGen Lockdown Probes могут игнорировать до 7 мутаций внутри целевого участка без влияния на эффективность гибридизации. Обогащенная ДНК далее секвенируется в один этап. В таком случае нет необходимости в подборке условий индивидуальных ПЦР и гелей для анализа. Если исследователь решит расширить спектр экспериментов и увеличить количество зондов, направленных на узнавание других SNP, то возможно воспользоваться уже подобранными условиями эксперимента по обогащению и секвенированию.

Идентификация сайтов встраивания вирусов и транспозонов

Эксперименты по изучению функций генов часто включают в себя гетеротипическую и экспрессию их последующий нокдаун при помощи интерференцией РНК (RNAi). Ретровирусы используются для введения экзогенной ДНК в геном изучаемых организмов. Фрагмент ДНК может быть интегрирован в безопасный участок между генами или в транскрибируемый участок (2) который может варьировать функцию генов, и вызываемые этим ложные фенотипы. Для исследования проблемного сайта встраивания во множестве различных образцов, возможно проводить целевое обогащение с использованием гибридизации зондов с известными участками экзогенной последовательности ДНК (рис.3). Таким образом, образцы, в которых произошло встраивание экзогенной ДНК могут быть отобраны для дальнейшего изучения.

Методика также важна для изучения сайтов интеграции транспозонов и инфицирующих вирусов. Информация о молекулярном механизме встраивания может улучшить понимание разработки лекарств для соответствующих заболеваний, а также быть полезной для решения других задач. Идентификация вирусной ДНК в изучаемом организме также используется для диагностирования стадии заболевания (3). проведение секвенирования ДНК человека, после целевого обогащения участками вирусного генома может подтвердить факт инфицирования.

Изучение альтернативного сплайсинга

Альтернативный сплайсинг наблюдается в 95% генах человека, которые имеют более чем 1 экзон, а ошибки во время этого процесса ассоциированы со множеством болезней (4). Некоторые из таких болезней могут быть диагностированы с помощью нахождения генов, которые альтернативно участвуют в сплайсинге. Для этого может использоваться, например, секвенирования следующего поколения РНК (NGS). Получаемая информация позволяет проанализировать количество РНК, представленной в определенный момент времени, и таким образом, этот метод чувствителен к различиям в генной экспрессии. РНК, полученная из образца, конвертируют в ДНК, и далее проводится стандартная процедура секвенирования ДНК. Для того чтобы облегчить определение малые количества вариантов сплайсинга, которые ассоциированы с заболеваниями, зонды, специфичные к изучаемому транскрипту могут использоваться для обогащения, облегчая обнаружение таких транскриптов (Рис.4). Также, различные изоформы протеинов детектируются в пропорции образца, и оставшиеся образцы могут быть легко проверены на наличие транскриптов альтернативного сплайсинга, по сравнению с изучением экспрессированных протеинов при помощи Western Blot.


Гибридное связывание увеличивает универсальность экспериментов

Секвенирование следующего поколения, проводимое после этапа целевого обогащения, позволяет исследовать один и тот же образец для решения нескольких задач одновременно, а также упрощается процесс увеличения количества целевых последовательностей. Такая простота расширения количества обогащаемых участков позволит добавить новый участок SNP, информация о котором появилась в печати - для этого к существующей панели зондов добавляется еще несколько, и ее можно использовать для последующих экспериментов по генотипированию. Добавление дополнительного зонда никак не скажется на эффективности работы существовавшей ранее панели, но позволит получать большее количество информации в результате каждого эксперимента. Таким образом возможно более оперативно реагировать на появляющиеся каждый день публикации в сфере NGS.

Прочитав большую часть данного обзора, и узнав обо всех дополнительных возможностях метода, кроме того что он фокусирует эксперименты по секвенированию, Вы задаетесь следующим вопросом: Упростит ли гибридное связывание постановку экспериментов?

Хотя гибридное связывание может быть использовано для решения большого количества задач, иногда этот метод может и не являться наиболее подходящим для всех исследователей. Например, процент прочтений последовательности, полученный от определенного региона увеличивается одновременно с увеличением количества зондов. Панели из большего количества зондов, как правило, более эффективны (в том числе и с точки зрения цены). Маленькие панели зондов используются для изучения ретровирусов и транспозонов; Тем не менее, следует обращать внимание на то, что результаты с использованием разных панелей и разных методов для обогащения могут разниться. Например, повторяемые участки будут захватываться с большей частотой.

В то же время следует понимать, что если задачей является изучение одного целевого участка в тысяче различных образцов, то лучше использовать метод обогащения при помощи ПЦР. xGen Lockdown зонды - изготавливаются полностью на заказ, из которых могут быть использованы для создания захватывающих панелей любого размера.

Зонды xGen Lockdown Probes от IDT

Зонды xGen Lockdown Probes - это индивидуально синтезируемые зонды для целевого обогащения при помощи гибридного связывания. Этот продукт был разработан специально для совместного применения с NGS секвениварония. Зонды могут быть использованы индивидуально для создания панелей, которые могут быть оптимизированы, расширены, комбинированы с другими панелями при необходимости. Также отдельные зонды могут быть добавлены в уже существующие панели для улучшения узнавания труднодоступных участков (например GC-богатых участков).

Кроме того, возможно выбрать одно из готовых решений от IDT - одну из готовых панелей:

xGen Inherited Diseases Panel - панель для обогащения генов, ассоциированных с наследственными заболеваниями, содержит 116 355 зондов, нацеленных на узнавание 4503 генов и 80 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), сцепленных с наследственными заболеваниями.

xGen Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0 - панель для обогащения более чем 260 генов ассоциированных с развитием острой миелоидной лейкемии (AML), содержит 11 743 индивидуально синтезированных зондов.

xGen Pan-Cancer Panel v1.5 - панель для обогащения генов, ассоциированных с 12 типами раковых заболеваний, состоит из 7 816 индивидуальных синтезированных зондов, которые обеспечивают обогащение более чем 127 генов.

Обеспечение совместимости с популярными платформами NGS

В процессе обогащения используются блокирующие олигонуклеотиды xGen Blocking Oligos для адаптеров в составе последовательностей библиотек. Такие блокирующие олигонуклеотиды уменьшают неспецифичное связывание и увеличивают эффективность обогащения.

xGenUniversal Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами.

xGen Standard Blocking Oligos совместимы с Illumina TruSeq, и другими Single-Index адаптерами, с Illumina TruSeq HT и другими Dual-Index адаптерами, а также с Ion Torrent Barcoded адаптерами и адаптерами Roche/454.

Возможно также производство блокирующих олигонуклеотидов на заказ (xGen Custom Blocking Oligos).

Использованная литература

Hayden EC (2013) Gene sequencing leaves the laboratory. Nature 494(7437):290-291.
Ambrosi A, Cattoglio C, Di Serio C. (2008) Retroviral integration process in the human genome: is it really non-random? A new statistical approach. PLoS Comput Biol 4(8):e1000144.
Depledge DP, Palser AL, et al. (2011) Specific capture and whole-genome sequencing of viruses from clinical samples. PLoS ONE 6(11): e27805.
Matlin AJ, Clark F, Smith CW. (2005) Understanding alternative splicing: towards a cellular code. Nat Rev Mol Cell Biol, 6(5):386–398.
Cancer Genome Atlas Research Network. (2013) Genomic and epigenomic landscapes of adult _de novo_ acute myeloid leukemia. N Engl J Med, 368(22):2059–2074.

По всем вопросам подбора Вашей индивидуально панели для обогащения перед секвенированием NGS обращайтесь в СкайДжин: info@skygen.com СкайДжин является официальным дистрибьютором IDTDNA в России!

Для обзора использовалась информация из статьи Target Enrichment Facilitates Focused Next Generation Sequencing