Боюсь, коллега, что такая задача лучше всего решается каким-нибудь пакетом векторной графики - CorelDraw или Adobe Illustrator. Да и, в принципе, PowerPoint подойдет
Ибо основное достоинство Биологического софта - это то, что он как раз исходит из нуклеотидной последовательности. А еще можете взять тот же Vector NTI и подсунуть ему "фальшивку", т.е. подогнать нуклеотидную последователность под рестриктные сайты и соответствующие боксы, а остальное забить, скажем, poly(A). На самом деле, возможно, это и есть наиболеее быстрый и правильный способ решения Вашей задачи.