Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Параметры PCR реакции -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: Параметры реакции (температура, время)
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 20.09.2006 20:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Параметры PCR реакции

Параметры PCR реакции: предварительный нагрев; количество циклов; температуры и время денатурации, отжига и элонгации. Пост-PCR. Удаление масла после PCR.
guest: Гость
IP-штамп: frHVRS/ao5Sko
гость



 прочитанное сообщение 20.09.2006 20:08     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Тут вопрос возник. При работе на Gradient Palm Cycler стали плавиться рекомендованные стрипы! В чем дело?
miniopticon
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 11:45     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Если Градиент 105 C- 135 C- то плавятся smile.gif)))
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 21.09.2006 11:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

добав ь 2-4 пустух стрипа в колонки 1,2 и 11,12
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.01.2007 14:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

у авторов кажется "концы с концами" того smile.gif
сначала рисуют "быстрые " температурные переходы и учут -
если быстро с 44 нагреть до 72 - то праймер свалится smile.gif
потом пишут что активностъ Так полимеразы при 37 - 1.5 нуклеотида в секундуsmile.gif
то есть ПРАЙМЕР уж ТОЧНО протянулся при 44 и не должен СВАЛИТСЯ smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.01.2007 14:55     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

еще одно "интересное" утверждение - если пробирка например 0.2 мл
то переноси с циклера на циклер и программу не меняй smile.gif
ну-ну smile.gif АБИ например работают тока в КАЛКУЛАТЕД ТУБЕ КОНТРОЛ
то естъ ТАЙМЕР вклучается по температуре СМЕСИ
а БИОМЕТРА - толъко по БЛОК КОНТРОЛ smile.gif
и разница может бытъ 20 градусов в момент вклучения таймера!
так напереносишся с АБИ на БИОМЕТРУ smile.gif что пцритъ бросиш навек frown.gif
http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender...36&blobtype=pdf
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 02.01.2007 17:22     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Guest @ 02.01.2007 13:55)
Ссылка на исходное сообщение  еще одно "интересное" утверждение - если пробирка например 0.2 мл
то переноси с циклера на циклер и программу не меняй smile.gif
ну-ну smile.gif АБИ например работают тока в КАЛКУЛАТЕД ТУБЕ КОНТРОЛ
то естъ ТАЙМЕР вклучается по температуре СМЕСИ
а БИОМЕТРА - толъко по БЛОК КОНТРОЛ smile.gif
и разница может бытъ 20 градусов в момент вклучения таймера!
так напереносишся с АБИ на БИОМЕТРУ smile.gif что пцритъ бросиш навек frown.gif
хттп://щщщ.пубмедцентрал.них.гов/пицрендер...36&блобтыпе=пдф


а если Примусов поимееш - то ПЦРитъ не начнешь smile.gif)))))))))
http://www.elite-genetix.ru/index.php?modu...page&pageid=132
Гость
IP-штамп: frMBK77sTX3LI
гость



 прочитанное сообщение 14.01.2008 19:31     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Вопрос от не-биохимика: есть подозрение, что в нашей реакции образуются димеры праймеров (программка предсказывает довольно длинный участок димеризации - более 7-ми нуклеотидов, точно не помню); как я могу проверить, есть у меня димеры или нет? вВ противном случае, будем искать проблему в другом....
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 14.01.2008 20:57     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Гость @ 14.01.2008 18:31)
Ссылка на исходное сообщение  Вопрос от не-биохимика: есть подозрение, что  в нашей реакции образуются димеры праймеров (программка предсказывает довольно длинный участок димеризации - более 7-ми нуклеотидов, точно не помню); как я могу проверить, есть у меня димеры или нет? вВ противном случае, будем искать проблему в другом....

Если все семь букв GC, есть риск вляпаться. Однако, если реакция оптимизирована, проблемы с димеризацией может не будет.
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 15.01.2008 10:29     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Гость @ 14.01.2008 18:31)
Ссылка на исходное сообщение  Вопрос от не-биохимика: есть подозрение, что  в нашей реакции образуются димеры праймеров (программка предсказывает довольно длинный участок димеризации - более 7-ми нуклеотидов, точно не помню); как я могу проверить, есть у меня димеры или нет? вВ противном случае, будем искать проблему в другом....

Программа может возмущаться и отбраковать праймеры, но это не значит, что они плохие. Повторюсь, все зависит от того как все у Вас налажено в реакции - реактивы, циклер (циклер немаловажно, иначе от Гостя1 наслушаетесь такой критики eek.gif ). 7 букв по всему праймеру (если не CG и не подряд) - это обычное дело. А если 3-штрих конец торчит при этом, это даже хорошо. smile.gif
Гость
IP-штамп: frMBK77sTX3LI
гость



 прочитанное сообщение 15.01.2008 12:20     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Спасибо за ответ.
Да, реакция была оптимизирована и использовалась в нашей группе не менее 4-х лет (LCR-reaction, plasmid 3,6 kb). Но в руках нового человека с новыми праймерами она перестала работать вообще, даже со старыми "работавшими всегда" праймерами получили только по 1-3 колонии на чашку. Я ломаю голову, что же еще может быть причиной. Нет, не все Г-Ц подряд. Использовали разные полимеразы, разные оптимизированные протоколы для разных полимераз.
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение 15.01.2008 16:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Гость @ 15.01.2008 11:20)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за ответ.
Да, реакция была оптимизирована и использовалась в нашей группе не менее 4-х лет (LCR-reaction, plasmid 3,6 kb). Но в руках нового человека с новыми праймерами она перестала работать вообще, даже со старыми "работавшими всегда" праймерами получили только по 1-3 колонии на чашку. Я ломаю голову, что же еще может быть причиной. Нет, не все Г-Ц подряд. Использовали разные полимеразы, разные оптимизированные протоколы для разных полимераз.

When your PCR is shaky, a lot of hands-to hands pecularities become important. Among these, I would check the following:

1. How reagents are mixed and kept, on ice or at RT? Adding primers on ice and keeping Master Mix on ice promotes primer-dimers.

2. How long it takes to actually start PCR after the plate/tubes is ready? The longer you keep, the more P-D's you will get.

3. Avoid old primer stocks.

Also, whenever you can, even if you use hot-start polymerase, use "false hot start" method. I e, heat the block to 94 and only then place your plate into the block.
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  15.01.2008 17:56     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Also, check the basics. Some poorly trained individuals have no idea they have to shake and spin down anything that has been frozen after thawing. And make sure that after you explained them how to do this they won't start doing it with enzymes in 50% glycerol.
Гость
IP-штамп: fr0CXODQM332o
гость



 прочитанное сообщение 28.11.2008 17:02     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

>Хотим обратить внимание начинающих пользователей компьютерных программ, что хорошие программы требуют для определения Tm задания двух параметров:
* концентрации праймеров;
* концентрации соли.

Я обычно использую онлайн-инструмент
http://eu.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/
Ъ
IP-штамп: frSMNcAkVlNuk
гость



 прочитанное сообщение 29.11.2008 14:05     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Гость @ 28.11.2008 16:02)
Ссылка на исходное сообщение  >Хотим обратить внимание начинающих пользователей компьютерных программ, что хорошие программы требуют для определения Tm задания двух параметров:
* концентрации праймеров;
* концентрации соли.

Я обычно использую онлайн-инструмент
http://eu.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/

Халявная программа с дружественным предложением: синтезируйте олиги у нас!
DNAstar и DNAsis надо покупать, и не за малые деньги. Но те не занимаются синтезом олигов.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  02.01.2022 17:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

https://www.uptrennd.com/post-detail/hints-...-watch~ODY3MDU2
https://anotepad.com/note/read/mqg8p5jm
https://www.crokes.com/replicarolexwatches/profile/
https://ko-fi.com/post/Watches-Shopping-Gui...-Watc-E1E13PZV9
https://www.merchantcircle.com/blogs/replic...x-Watch/1966540
https://www.nairaland.com/6427528/watches-s...de-finding-fake
https://www.vingle.net/posts/3587193
https://fortunetelleroracle.com/sport/replica-watches-280478
https://www.goodreads.com/story/show/132736...ake-rolex-watch
https://www.diigo.com/item/note/85twz/phwr?...2395edb2dac07ea
https://github.com/ReplicawatchesUK/Replica...ake-Rolex-Watch
https://www.reddit.com/user/Bestreplicawatc...ke_rolex_watch/
https://slashdot.org/submission/13306958/wa...ake-rolex-watch
https://www.wattpad.com/1030107359-replica-...guide-finding-a
https://www.instructables.com/member/Fakero...licPreview=true

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 11:50
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft