Molbiol.ru | Project | Protocols | Programs | Literature Web | Companies | Marketplace | Labor exchange Today's active topics [ Log In* | Register* ] Forum: | |
Forum robot Advanced Member на сервере в Москве |
Проведение агарозного гель-электрофореза. Заливка агарозного геля, обращение с форезной камерой. |
mesentsev Advanced Member |
|
mesentsev Advanced Member |
242 gm Tris base 57.1 ml Acetic acid 100ml 0.5M EDTA Add ddH2O to 1 liter and adjust pH to 8.5. |
mesentsev Advanced Member |
108 gm Tris base 55 gm Boric acid 9.3 gm Na4EDTA Add ddH2O to 1 liter. The pH is 8.3 and requires no adjustment. |
guest: ant IP-stamp: fr45uHVgO7WZ2 guest |
Ultrafast COLD buffer - gel in 5 min )) Sigma - Bionic Buffer see Paper Biotechniques Low Cost )) |
guest: ant IP-stamp: fr45uHVgO7WZ2 guest |
+DarkReader ( blue transilluminator) and you see Real-Time agarose gel DIREKTLY !!!!!!!! on YOUR WORKING PLACE !!!!!!!!! NO DARK ROOMS !!!!!!!!!! 5 min AND YOU SEE !!!!!!!!!!! results )) by using ORANGE Glasses |
guest: ant IP-stamp: fr45uHVgO7WZ2 guest |
you can Run agarose at 30V/cm at room temp ) |
guest: ant IP-stamp: fr45uHVgO7WZ2 guest |
All: 1 Review: 1 [Click to change filter selection through My NCBI.] 1: Anal Biochem. 2004 Oct 1;333(1):1-13.Click here to read Links History and principles of conductive media for standard DNA electrophoresis. * Brody JR, * Kern SE. Department of Oncology, The Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at The Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21231, USA. DNA electrophoresis has been a dominant technique in molecular biology for 30 years. The foundation for this common technique is based on a few simple electrochemical principles. Electrophoretic DNA separation borrowed from existing protein and RNA techniques developed in the 1950s and 1960s. For 30 years, common DNA electrophoretic conductive media remained largely unchanged, with Tris as the primary cation. DNA electrophoresis relies simply upon the negative charge of the phosphate backbone and the ability to distribute a voltage gradient in a sieving matrix. Nevertheless, the conductive properties in DNA electrophoresis are complicated by choices involving voltage, electric current, conductivity, temperature, and the concentration and identity of the ionic species present. Differences among the extant chemical recipes for common conductive media affect central properties. Tris-based buffers, even in optimal form, create a runaway positive feedback loop between heat generation and retention, temperature, conductivity, and current. This is undesirable, leading to limitations on the permissible electric field and to impaired resolution. Recently, we developed low-molarity conductive media to mitigate this positive feedback loop. Such media allow for application of a higher electric field. Applications of DNA electrophoresis can now be reengineered for lower ionic strength, higher field strengths, and lower requirements for heat dissipation. PMID: 15351274 [PubMed - indexed for MEDLINE] |
chlamy |
|
curious67 Advanced Member |
|
MirnyiAtom |
Прокомментируйте пожалуйста, я не понимаю-не могу догадаться какие могут быть причины подобного поведения |
Yuri K IP-stamp: frbSxBL61s/9I guest |
(MirnyiAtom @ 12.10.2007 15:49) Сегодня услышал, что вроде как TAE буфер при нагревании (в отличие от ТБЕ) "неустойчив" и что чтобы все было ок, следует агарозу растворять в воде, а потом в этот раствор добавлять ТАЕ (50х). Прокомментируйте пожалуйста, я не понимаю-не могу догадаться какие могут быть причины подобного поведения I guess, if you boil it for like half an hour some acetic acid will evaporate. Don't forget to be very, very precise with volumes, as the Dogma demands: "57.1 ml Acetic acid" ;-))))) |
YuryK IP-stamp: freS4bQjkJ/xg guest |
P.S. Я другой ЮрийК )) |
Айзек |
|
ship Advanced Member Moscow |
|
MMM Advanced Member |
Айзек! А вы не пробовали плавить/варить на водяной бане на электроплитке? А еще водяную баню можно организовать даже в микроволновке для этого надо колбу с агарозой погрузить в стеклянный(или ПП) стакан с водой. |
Flyamer Advanced Member Москва |
А плотно некоторые завинчивают, кстати, быстрее закипает и температура чуток повыше - лучше растворяется. Но банка должна быть хорошая, и надо следить, чтобы не прокипятить слишком долго |
MMM Advanced Member |
До поры, до времени! |
R.J.Dio Advanced Member |
|
MMM Advanced Member |
Достаточно. Смысл в влажности воздуха ведь, в парциальном давлении паров воды, чтоб не выкипало. Не, смысл в том, что эта масса воды поглощает мощность СВЧ-поля на свой разогрев. И тем самым агарозка греется мееедленнеее. |
R.J.Dio Advanced Member |
|
guest: ммм IP-stamp: frQlBxj4iQSg. guest |
даже без стакана. Наверное слишком маленькая и пары в ней накапливаются быстрее |
Flyamer Advanced Member Москва |
|
R.J.Dio Advanced Member |
|
NMR-guy Advanced Member временной жизни |
|
R.J.Dio Advanced Member |
|
вова098 Advanced Member |
|
вова098 Advanced Member |
(R.J.Dio @ 23.11.2014 15:13) как правило, нужна большая микроволновка. Как ни смешно, это проблема, птому как часто помимо банок с агарозой, туда суют колбы агаром, а они не проходят по высоте. Но европейский рынок микроволновок, в отличие от американского, практикует какой-то странный формат изделий, они все низкие, даже если по объему приличные, словом, надо еще поискать соответствующую модель. вскипятил кастрюльку на тихом газу поставил колбы с агарозой и никаких притензий кроме Газпрома |
R.J.Dio Advanced Member |
|
Pharmaсol Advanced Member |
|
Pharmaсol Advanced Member |
у нас никогда не выплескивается, микроволновка на полной мощности, 3 минуты, колба вот такая This post has been edited by Pharmaсol: 24.11.2014 15:03 |
R.J.Dio Advanced Member |
(genseq @ 24.11.2014 15:30) У микроволновки, даже у слабенькой (800 W), мощность избыточна. При её уменьшении регулировка идёт не плавным снижением, а периодическим включением на полную мощность. Отсюда - выплёскивания небольших объёмов (100...200 мл) на любой мощности. "Лечится" добавлением дополнительной ёмкости с водой (~500 мл, не дистиллированной!). Агарозу перед нагревом нужно тщательно суспендировать. На начальных стадиях нагрева (до 60...80 градусов) пару раз доставать из микроволновки и перемешивать. Иначе на дне может образоваться плохо растворимый комок. Кипятить (с пробулькиванием) до полной прозрачности, после чего перемешать и прокипятить ещё 2...3 раз минуты. Пытались вместо готовых гелей с повышенным разрешением (агароза+ПГМ) предлагать сам ПГМ (он же - Synergel), но гели с этой добавкой плавить ещё сложнее. Пришлось от этой идеи отказаться. ну, положим, в инверторных печах мощность регулируется не импульсами, так что этот аргумент вовсе не аргумент, ибо результат тот же ( в смысле выплескивания). далее, ставить емкость 500 мл, чтобы расплавить грамм-полтора агарозы в 50-100 мл- это, конечно, умно, так до морковкиного заговенья плавить придется. Все остальное- капитан очевидность протекстовал замечательно, особо прорекламировал гели, кот. за лет 5, прошедшие с момента первого обострения на эту тему, так никому и не нужны оказались (особенно в трогательной упаковке из-под конфет Ferrero) |
meschersky |
(Pharmaсol @ 24.11.2014 16:02) может от формы колбы зависит? у нас никогда не выплескивается, микроволновка на полной мощности, 3 минуты, колба вот такая +1 Именно такая колба, и отродясь ничего не выплескивалось, сколько ни кипяти... |
R.J.Dio Advanced Member |
|
NMR-guy Advanced Member временной жизни |
(R.J.Dio @ 24.11.2014 17:20) хм. интересно. Хотя завинчивающиеся банки Pirex предпочтительнее, можно хранить остатки, да и компактнее Останки стоявшего рядом в момент взрыва банки внутри микроволновки по механизму ЧАЭС? Мы тоже в колбе всегда в такой варили, но у нас излучатель внизу. Потому когда она закипает и начинает пузыриться ее можно даже проварить минутку с пузырями - они до горла никогда не долазят. А вот в пендосской моей лабе излучатель был сверху, там секунд 20-30 после начала кипения тоже в плоскодонной колбе - и всё на потолке и в виде пара/аэрозоля внутри. Единственное что объясняет два этих феномена - квадрат расстояния до излучателя. |
вова098 Advanced Member |
(Pharmaсol @ 24.11.2014 01:17) не обращайте внимания, это бот-однодневка, давно здесь бродит, завтра будет под другим ником по постам скакать лет так сто |
watchesonline89 Advanced Member |
|
« Next Oldest · Molecular and cellular biology · Next Newest » |