Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Заливка агарозного геля -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: Приготовление агарозного геля
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 17.08.2006 22:33     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Комментарии к постоянной странице сайта: Заливка агарозного геля

Проведение агарозного гель-электрофореза. Заливка агарозного геля, обращение с форезной камерой.
Участник оффлайн! mesentsev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.08.2006 22:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

А это нормально, когда в описании электрофоретического метода отсутствует рецептура приготвления буферных растворов?
Участник оффлайн! mesentsev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  17.08.2006 22:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

50x TAE Buffer (Tris-Acetate-EDTA)
242 gm Tris base
57.1 ml Acetic acid
100ml 0.5M EDTA

Add ddH2O to 1 liter and adjust pH to 8.5.
Участник оффлайн! mesentsev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  17.08.2006 22:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

10x TBE Buffer (Tris-Borate-EDTA)
108 gm Tris base
55 gm Boric acid
9.3 gm Na4EDTA

Add ddH2O to 1 liter.

The pH is 8.3 and requires no adjustment.
guest: ant
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.08.2006 08:41     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

SB ( sodoum borate) smile.gif)

Ultrafast COLD buffer - gel in 5 min smile.gif))

Sigma - Bionic Buffer

see Paper Biotechniques


Low Cost smile.gif))
guest: ant
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.08.2006 08:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

sb+GelStar

+DarkReader ( blue transilluminator)

and you see Real-Time agarose gel DIREKTLY !!!!!!!!

on YOUR WORKING PLACE !!!!!!!!!

NO DARK ROOMS !!!!!!!!!!

5 min AND YOU SEE !!!!!!!!!!! results smile.gif))

by using ORANGE Glasses
guest: ant
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.08.2006 08:53     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

in SB
you can Run agarose at 30V/cm at room temp smile.gif)
guest: ant
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.08.2006 09:01     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Display Show
All: 1
Review: 1
[Click to change filter selection through My NCBI.]

1: Anal Biochem. 2004 Oct 1;333(1):1-13.Click here to read Links
History and principles of conductive media for standard DNA electrophoresis.

* Brody JR,
* Kern SE.

Department of Oncology, The Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at The Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21231, USA.

DNA electrophoresis has been a dominant technique in molecular biology for 30 years. The foundation for this common technique is based on a few simple electrochemical principles. Electrophoretic DNA separation borrowed from existing protein and RNA techniques developed in the 1950s and 1960s. For 30 years, common DNA electrophoretic conductive media remained largely unchanged, with Tris as the primary cation. DNA electrophoresis relies simply upon the negative charge of the phosphate backbone and the ability to distribute a voltage gradient in a sieving matrix. Nevertheless, the conductive properties in DNA electrophoresis are complicated by choices involving voltage, electric current, conductivity, temperature, and the concentration and identity of the ionic species present. Differences among the extant chemical recipes for common conductive media affect central properties. Tris-based buffers, even in optimal form, create a runaway positive feedback loop between heat generation and retention, temperature, conductivity, and current. This is undesirable, leading to limitations on the permissible electric field and to impaired resolution. Recently, we developed low-molarity conductive media to mitigate this positive feedback loop. Such media allow for application of a higher electric field. Applications of DNA electrophoresis can now be reengineered for lower ionic strength, higher field strengths, and lower requirements for heat dissipation.

PMID: 15351274 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Участник оффлайн! chlamy




 прочитанное сообщение 20.04.2007 21:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

запаритесь pH подводить..
Участник оффлайн! curious67
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.04.2007 21:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

а в чем проблема, собственно? Прописей нет на сайте? Ужас какой! Ну, в Маниатисе есть, я вообще не вижу смысла выкладывать банальные прописи, разве что действительно оригинальное, которое нигде (ил по крайней мере трудно) найти нельзя
Участник оффлайн! MirnyiAtom




 прочитанное сообщение 12.10.2007 15:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Сегодня услышал, что вроде как TAE буфер при нагревании (в отличие от ТБЕ) "неустойчив" и что чтобы все было ок, следует агарозу растворять в воде, а потом в этот раствор добавлять ТАЕ (50х).
Прокомментируйте пожалуйста, я не понимаю-не могу догадаться какие могут быть причины подобного поведения confused.gif
Yuri K
IP-штамп: frbSxBL61s/9I
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2007 16:13     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(MirnyiAtom @ 12.10.2007 15:49)
Ссылка на исходное сообщение  Сегодня услышал, что вроде как TAE буфер при нагревании (в отличие от ТБЕ) "неустойчив" и что чтобы все было ок, следует агарозу растворять в воде, а потом в этот раствор добавлять ТАЕ (50х).
Прокомментируйте пожалуйста, я не понимаю-не могу догадаться какие могут быть причины подобного поведения  confused.gif

I guess, if you boil it for like half an hour some acetic acid will evaporate.

Don't forget to be very, very precise with volumes, as the Dogma demands: "57.1 ml Acetic acid" ;-)))))
YuryK
IP-штамп: freS4bQjkJ/xg
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2007 16:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Не знаю, я миллион раз кипятил агарозу в ТАЕ, и всё ок. При этом кипячу хорошо, чтобы небыло неровностей геля.

P.S. Я другой ЮрийК smile.gif))
Участник оффлайн! Айзек




 прочитанное сообщение 19.11.2014 14:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Добрый день, может быть кто-нибудь сможет помочь мне с моей проблемой. Довольно часто приходится готовить агарозный гель, и каждый раз проблема с его кипячением. Я отвешиваю агарозу и буфер в колбу, ставлю в микроволновку, а в ней смесь начинает дико кипеть и выливается из довольно таки высокой колбы. При этом растворяется агароза не очень хорошо, и нужно ещё много раз дать смеси закипеть. Я бы думал, что так оно и должно быть, если бы в предыдущей лабе, в которой я работал, не было всё очень просто. Смесь кипела, но не поднималась, я давал ей покипеть некоторое время и всё растворялось. На самой маленькой мощности СВЧ пробовал делать, та же история.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 19.11.2014 15:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

попробуйте плавить в банке с плотнозавинчивающейся крышкой.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.11.2014 16:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

ship! Ну хоть бы смайлик поставил.

Айзек! А вы не пробовали плавить/варить на водяной бане на электроплитке?

А еще водяную баню можно организовать даже в микроволновке для этого надо колбу с агарозой погрузить в стеклянный(или ПП) стакан с водой.
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 19.11.2014 17:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Или делать гель не в высокой колбе, а, наоборот, в широком стакане, тогда кипеть будет, но выливаться - нет.
А плотно некоторые завинчивают, кстати, быстрее закипает и температура чуток повыше - лучше растворяется. Но банка должна быть хорошая, и надо следить, чтобы не прокипятить слишком долго smile.gif
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.11.2014 19:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

--А плотно некоторые завинчивают, кстати, быстрее закипает и температура чуток повыше - лучше растворяется. Но банка должна быть хорошая, и надо следить, чтобы не прокипятить слишком долго

До поры, до времени!
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.11.2014 14:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

не надо тничего никуда ставить, стакан с водой лдостаточно поставить РЯДОМ с колбой. Смысл в влажности воздуха ведь, в парциальном давлении паров воды, чтоб не выкипало
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.11.2014 15:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

не надо тничего никуда ставить, стакан с водой лдостаточно поставить РЯДОМ с колбой.
Достаточно.
Смысл в влажности воздуха ведь, в парциальном давлении паров воды, чтоб не выкипало.

Не, смысл в том, что эта масса воды поглощает мощность СВЧ-поля на свой разогрев. И тем самым агарозка греется мееедленнеее.
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.11.2014 15:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

ничего подобного!!! Проверено многократно. когда агароза доходит до кипения, она все равно НЕ выплевывает НИКОГДА, если РЯДОМ стакан, так что мощность ни причем. Положите вместо стакана с водой что-нить аналагичное, чтоб грелось и не мешало, то есть неметалл той же массы, типа картошки кучку. Выкипит за милу душу
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 20.11.2014 22:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

Не могу я этого проверить у меня не выкипает,
даже без стакана. Наверное слишком маленькая и пары в ней накапливаются быстрее smile.gif
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.11.2014 22:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Ну, если про пары речь, то, конечно, НЕ открывать микроволновку, пока не закипит, должно помочь smile.gif
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.11.2014 11:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

все просто- практика- критерий истины. пробуйте со стаканом и без. а можно и внутрь (но тогда точно выкипит smile.gif)
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 22.11.2014 23:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Смените микроволновку - если нагрев сверху, то пузыри автокаталитическим образом будут всегда перегреваться при значимом поднятии над уровнем в колбе, экранируя собой основную массу жидкости внизу. Вам нужна микроволновка с излучателями снизу или сбоку.
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.11.2014 14:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

как правило, нужна большая микроволновка. Как ни смешно, это проблема, птому как часто помимо банок с агарозой, туда суют колбы агаром, а они не проходят по высоте. Но европейский рынок микроволновок, в отличие от американского, практикует какой-то странный формат изделий, они все низкие, даже если по объему приличные, словом, надо еще поискать соответствующую модель.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! вова098
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.11.2014 19:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

вааще улыбнола наюкоемкость обсуждения процесса варки агарозы smile.gif
Участник оффлайн! вова098
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.11.2014 19:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(R.J.Dio @ 23.11.2014 15:13)
Ссылка на исходное сообщение  как правило, нужна большая микроволновка. Как ни смешно, это проблема, птому как часто помимо банок с агарозой, туда суют колбы  агаром, а они не проходят по высоте. Но европейский рынок микроволновок, в отличие от американского, практикует какой-то странный формат изделий, они все низкие, даже если по объему приличные, словом, надо еще поискать соответствующую модель.


вскипятил кастрюльку на тихом газу поставил колбы с агарозой и никаких притензий кроме Газпрома smile.gif
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 00:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

вова с прИтензией на ум?
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 00:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

не обращайте внимания, это бот-однодневка, давно здесь бродит, завтра будет под другим ником по постам скакать

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): вова098
Участник оффлайн! Pharmaсol
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 15:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

может от формы колбы зависит?
у нас никогда не выплескивается, микроволновка на полной мощности, 3 минуты, колба вот такая
user posted image

Сообщение было отредактировано Pharmaсol - 24.11.2014 15:03
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 15:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

(genseq @ 24.11.2014 15:30)
Ссылка на исходное сообщение  У микроволновки, даже у слабенькой (800 W), мощность избыточна. При её уменьшении регулировка идёт не плавным снижением, а периодическим включением на полную мощность. Отсюда - выплёскивания небольших объёмов (100...200 мл) на любой мощности. "Лечится" добавлением дополнительной ёмкости с водой (~500 мл, не дистиллированной!). umnik.gif

Агарозу перед нагревом нужно тщательно суспендировать. На начальных стадиях нагрева (до 60...80 градусов) пару раз доставать из микроволновки и перемешивать. Иначе на дне может образоваться плохо растворимый комок. Кипятить (с пробулькиванием) до полной прозрачности, после чего перемешать и прокипятить ещё 2...3 раз минуты. smile.gif

Пытались вместо готовых гелей с повышенным разрешением (агароза+ПГМ) предлагать сам ПГМ (он же - Synergel), но гели с этой добавкой плавить ещё сложнее. wall.gif  Пришлось от этой идеи отказаться.  weep.gif


ну, положим, в инверторных печах мощность регулируется не импульсами, так что этот аргумент вовсе не аргумент, ибо результат тот же ( в смысле выплескивания). далее, ставить емкость 500 мл, чтобы расплавить грамм-полтора агарозы в 50-100 мл- это, конечно, умно, так до морковкиного заговенья плавить придется. Все остальное- капитан очевидность протекстовал замечательно, особо прорекламировал гели, кот. за лет 5, прошедшие с момента первого обострения на эту тему, так никому и не нужны оказались (особенно в трогательной упаковке из-под конфет Ferrero)
Участник оффлайн! meschersky




 прочитанное сообщение 24.11.2014 16:12     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 24.11.2014 16:02)
Ссылка на исходное сообщение  может от формы колбы зависит? у нас никогда не выплескивается, микроволновка на полной мощности, 3 минуты, колба вот такая
user posted image

+1
Именно такая колба, и отродясь ничего не выплескивалось, сколько ни кипяти...
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 17:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

хм. интересно. Хотя завинчивающиеся банки Pirex предпочтительнее, можно хранить остатки, да и компактнее
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 24.11.2014 18:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

(R.J.Dio @ 24.11.2014 17:20)
Ссылка на исходное сообщение  хм. интересно. Хотя завинчивающиеся банки Pirex предпочтительнее, можно хранить остатки, да и компактнее

Останки стоявшего рядом в момент взрыва банки внутри микроволновки по механизму ЧАЭС? tongue.gif

Мы тоже в колбе всегда в такой варили, но у нас излучатель внизу. Потому когда она закипает и начинает пузыриться ее можно даже проварить минутку с пузырями - они до горла никогда не долазят. А вот в пендосской моей лабе излучатель был сверху, там секунд 20-30 после начала кипения тоже в плоскодонной колбе - и всё на потолке и в виде пара/аэрозоля внутри.

Единственное что объясняет два этих феномена - квадрат расстояния до излучателя.
Участник оффлайн! вова098
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.11.2014 23:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(Pharmaсol @ 24.11.2014 01:17)
Ссылка на исходное сообщение  не обращайте внимания, это бот-однодневка, давно здесь бродит, завтра будет под другим ником по постам скакать

лет так сто smile.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 16.11.18 09:04
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft